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单细胞全基因组扩增分析PicoPLEX Single Cell WGA Kit v3
品牌	Code No.	产品名称	包装量	价格（元）	说明书	数量
Clontech	R300718	PicoPLEX Single Cell WGA Kit v3	24 Rxns	询价
Clontech	R300722	PicoPLEX Single Cell WGA Kit v3	96 Rxns	询价
Clontech	R300723	PicoPLEX Single Cell WGA Kit v3	480 Rxns	询价

PicoPLEX Single Cell WGA Kit v3

· 单细胞（或＜15 pg DNA）起始，可获得可重复的结果 · 卓越的等位基因再现性 · 易于使用和自动化 · 应用广泛，可以用于微阵列，PCR等

PicoPLEX Single Cell WGA Kit v3 (PicoPLEX WGA v3)可以从单细胞扩增DNA，获得高度可重复的文库。细胞裂解和预扩增后，进行低背景的PCR扩增，并在3小时内获得微克级产物。 除了延续之前PicoPLEX WGA Kit可进行高度可重复的拷贝数变异（CNV）分析外，该试剂盒通过使用高保真酶，尽可能减少扩增误差，并能检测单核苷酸变异（SNV）。

图1. PicoPLEX Single Cell WGA Kit v3技术

表1 .使用PicoPLEX Single Cell WGA Kit v3进行高质量单核苷酸变异（SNV）检测

以单细胞 (1cell) 和5个细胞 (5 cells) 的GM12878细胞系 (Coriell研究所) 起始 (一式两份)，分别使用PicoPLEX WGA v3,A公司试剂盒和B公司试剂盒，以及bulk gDNA对照制备全基因组扩增产物，进行SNV检测的比较。其中B公司试剂盒虽然制备了足够的扩增产物，但只有5 cells样本中一个包含足够的扩增子进行测序，而其他样本无可用数据进行测序。根据Genome In a Bottle (GIB) 和hg19 (human Genome assembly GRCh37, Ensembl) 数据库的交叉分析，预计GM12879细胞系总共存在78个SNVs。由于扩增子的设计，2×75 bp的读取长度很短，78个SNVs中的4个未能检测到。因此，检测的SNV总数减少到74个。使用VarDict软件，以≥10reads (10X coverage) 和等位基因频率≥20％为基准从BAM文件分析SNV。与其他两个公司试剂盒相比，PicoPLEX WGA v3具有更高的call rates和更低的等位基因丢失率。

（数据来源于Takara Bio USA, Inc.）

图2. 基于PicoPLEX Single Cell WGA Kit v3的CNV检测

以来自不同细胞系(GM22601、GM05067和GM12878)的单细胞起始，使用PicoPLEX Single Cell WGA Kit v3扩增基因组。之后取1ng的扩增产物，使用Illumina Nextera XT Kit制备文库，并在Illumina MiSeq（PE 75）进行测序。对Fastq文件去除接头序列信息后，与human genome assembly GRCh37进行比对。只分析常染色体。对于这两个panels，校准归一化至100万reads，使用bedtools 2.25.0计算每1 Mb的 bin的reads数。使用Integrative Genomics Viewer (IGV)绘制bin counts的log2 ratio (Sample/Reference)。PicoPLEX Single Cell WGA Kit v3还显示了可以高品质的进行染色体异倍性分析。

图3. PicoPLEX Single Cell WGA Kit v3的全基因组覆盖范围的重现性高

以GM12878的单细胞样本起始（一式两份），分别使用PicoPLEX WGA v3，A公司试剂盒和B公司试剂盒扩增基因组。之后取1ng的扩增产物，使用Illumina Nextera XT Kit制备文库，并在MiSeq（PE 75）进行测序。然后与human genome assembly GRCh37进行比对，归一化至1M reads (0.5M paired-end reads)后，使用bedtools 2.25.0计算每个1 Mb的bin的reads数。对这两个单细胞文库的每个窗口的total read进行绘制，计算Pearson和Spearman相关性并在每个图中标明。

Panel A. 包含异常值的样本。*由于不同技术存在不同的偏差，没有排除相关点，所以图表的比例不同。 Panel B. 排除异常值的样本。与A公司和B公司试剂盒相比，PicoPLEX WGA v3具有更高的重现性和覆盖度。

（数据来源于Takara Bio USA, Inc.）

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页面更新：2024-02-01 08:22:33

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单细胞全基因组扩增试剂盒PicoPLEX Single Cell WGA Kit
品牌	Code No.	产品名称	包装量	价格（元）	说明书	数量
Clontech	R300671	PicoPLEX® Single Cell WGA Kit	24 Rxns	询价
Clontech	R300672	PicoPLEX® Single Cell WGA Kit	96 Rxns	询价
Clontech	R300673	PicoPLEX® Single Cell WGA Kit	480 Rxns	询价

PicoPLEX® Single Cell WGA Kit

· 单细胞（或<15 pg dna）起始，获得可重复结果 · 卓越的等位基因再现性 · 易于使用和自动化 · 清晰的实验结果，不论微阵列还是PCR

■ 产品说明：

通过 PicoPLEX Single Cell WGA Kit来扩增DNA，从而实现从单个细胞中获得高度可重复的文库！该试剂盒采用专利技术（U.S. Patents 8,206,913），设计、优化用于从单个细胞中扩增单拷贝基因组DNA。简单易用的单管操作流程减少了手动操作失误，显著缩短了时间并降低了背景。 PicoPLEX Single Cell WGA Kit同样适用于6 pg到50 pg的纯化gDNA，并且兼容微阵列比较基因组杂交（array CGH）分析以及PCR。

PicoPLEX Single Cell WGA 技术概要

■ 产品组成：

· Cell Extraction Buffer · Extraction Enzyme Dilution Buffer · Cell Extraction Enzyme · Pre-Amp W Buffer · Pre-Amp W Enzyme · Amplification Buffer · Amplification Enzyme · Nuclease-Free Water

■ 保存

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