NEBNext^® rRNA 去除试剂盒 v2（人/小鼠/大鼠）- 含 RNA 纯化磁珠

· 高效去除人、小鼠、大鼠 RNA 中的 rRNA

 高丰度的核糖体 RNAs（rRNAs）占总 RNA 的 80-90%，进行二代测序和其它应用前需要在上游实验中将其去除。NEBNext® rRNA 去除试剂盒 v2 优化了试剂、探针和操作手册，去除效果更卓越。基于 RNAse-H 的高效工作流程和紧密的探针间距，能高效地从低质量和高质量 RNA 中去除 rRNA，针对广泛的起始量范围亦同样有效。

从不同起始量的人、小鼠、大鼠样品中，NEBNext® rRNA 去除试剂盒 v2 均能高效富集目的 RNAs。使用 NEBNext® rRNA 去除试剂盒 v2（人/小鼠/大鼠）从人、小鼠和大鼠通用参考总 RNA（1 µg、100 ng 和 10 ng）中去除 rRNA。使用 NEBNext® Ultra™ II RNA 定向文库制备试剂盒制备文库，并进行 Illumina 双端测序（2 x 75 bp）。从每个文库中抽取（seqtk）1000 万个 Reads，并使用 Mirabait（6 个或更多，25-mers）鉴定去除文库中的 rRNA 残留，人 rRNA 探针取自 5S、5.8S、12S、16S、18S、28S、ETS/ITS；小鼠/大鼠 rRNA 探针取自 5S、5.8S、12S、16S、18S、28S。残留的 rRNA 水平是通过将匹配上的 Reads 数除以质控过滤后的总 Reads 数计算得出。数据代表 3 次重复的平均值。结果表明：从不同起始量的人、小鼠、大鼠样品中，NEBNext® rRNA 去除试剂盒 v2 均能高效去除 rRNA。

使用 NEBNext® rRNA 去除试剂盒 v2，不会影响目的转录本的丰度。使用 NEBNext® rRNA 去除试剂盒 v2（人/小鼠/大鼠）从人、小鼠和大鼠通用参考总 RNA（1 µg）中去除 rRNA。使用 NEBNext® Ultra™ II RNA 定向文库制备试剂盒分别对去除后和未去除的 RNA 制备文库，并进行 Illumina 双端测序（2 x 75 bp）。从去除后的文库中抽取（seqtk）1000 万个 Reads，从未去除的文库中抽取 1 亿个 Reads。使用 Salmon 计算 GENCODE v27 转录本的丰度。图中显示了线性拟合的 Read 计数和 R2 值。结果表明：测试的所有物种去除 rRNA 后转录表达水平与未去除文库一致。

不同起始量情况下，样本文库之间都保持一致的转录表达相关性。使用 NEBNext® rRNA 去除试剂盒 v2（人/小鼠/大鼠）从人、小鼠和大鼠通用参考总 RNA（1 µg）中去除 rRNA。使用 NEBNext® Ultra™ II RNA 定向文库制备试剂盒制备文库，并进行 Illumina 双端测序（2 x 75 bp）。使用 Salmon 计算 GENCODE v27 转录本的丰度。图中显示了线性拟合的 Read 计数和 R2 值。结果表明：测试的所有起始量转录表达相关性保持一致。

NEBNext® rRNA 去除试剂盒 v2 在保证转录本丰度的同时，能有效地从降解的 FFPE 总 RNA 中去除 rRNA。使用 NEBNext® rRNA 去除试剂盒 v2（人/小鼠/大鼠）（A、B、C）和 TruSeq® Stranded Total RNA Gold Kit（A）从成人正常肝组织 FFPE 总 RNA（RIN 2.3，100 ng 和 10 ng）中去除 rRNA。使用 NEBNext® Ultra™ II RNA 定向文库制备试剂盒制备文库，并进行 Illumina 双端测序（2 x 75 bp）。从去除后的文库中抽取（seqtk）2000 万个 Reads，从未去除的文库中抽取 2 亿个 Reads。图（A）使用 Mirabait（6 个或更多，25-mers）鉴定去除文库中的 rRNA 残留，人 rRNA 探针取自 5S、5.8S、12S、16S、18S、28S、ETS/ITS。残留的 rRNA 水平是通过将匹配上的 Reads 数除以质控过滤后的总 Reads 数计算得出。数据代表 3 次重复的平均值，误差条表示标准差。（B）和（C）使用 Salmon 计算 GENCODE v27 转录本的丰度。图中显示了线性拟合的 Read 计数和 R2 值。结果表明：NEBNext® rRNA 去除试剂盒 v2（人/小鼠/大鼠）能从 FFPE（降解的）样本中高效去除 rRNA，并可灵活应用于低起始量，且在不同起始量情况下，去除后的转录表达相关性也保持一致。