标签归档：picoplex

单细胞全基因组扩增分析PicoPLEX Single Cell WGA Kit v3酶试剂盒Takara Clontech

发表于由

上海金畔生物科技有限公司代理Takara酶试剂盒全线产品，欢迎访问官网了解更多产品信息和订购。

单细胞全基因组扩增分析PicoPLEX Single Cell WGA Kit v3
品牌 Code No. 产品名称 包装量 价格（元） 说明书 数量
Clontech R300718 PicoPLEX Single Cell WGA Kit v3 24 Rxns 询价 单细胞全基因组扩增分析PicoPLEX Single Cell WGA Kit v3 单细胞全基因组扩增分析PicoPLEX Single Cell WGA Kit v3 单细胞全基因组扩增分析PicoPLEX Single Cell WGA Kit v3
Clontech R300722 PicoPLEX Single Cell WGA Kit v3 96 Rxns 询价 单细胞全基因组扩增分析PicoPLEX Single Cell WGA Kit v3 单细胞全基因组扩增分析PicoPLEX Single Cell WGA Kit v3 单细胞全基因组扩增分析PicoPLEX Single Cell WGA Kit v3
Clontech R300723 PicoPLEX Single Cell WGA Kit v3 480 Rxns 询价 单细胞全基因组扩增分析PicoPLEX Single Cell WGA Kit v3 单细胞全基因组扩增分析PicoPLEX Single Cell WGA Kit v3 单细胞全基因组扩增分析PicoPLEX Single Cell WGA Kit v3
收藏产品 加入购物车
 
 
PicoPLEX Single Cell WGA Kit v3
· 单细胞（或＜15 pg DNA）起始，可获得可重复的结果
· 卓越的等位基因再现性
· 易于使用和自动化
· 应用广泛，可以用于微阵列，PCR等
 
PicoPLEX Single Cell WGA Kit v3 (PicoPLEX WGA v3)可以从单细胞扩增DNA，获得高度可重复的文库。细胞裂解和预扩增后，进行低背景的PCR扩增，并在3小时内获得微克级产物。
除了延续之前PicoPLEX WGA Kit可进行高度可重复的拷贝数变异（CNV）分析外，该试剂盒通过使用高保真酶，尽可能减少扩增误差，并能检测单核苷酸变异（SNV）。
 
单细胞全基因组扩增分析PicoPLEX Single Cell WGA Kit v3
图1. PicoPLEX Single Cell WGA Kit v3技术
 
表1 .使用PicoPLEX Single Cell WGA Kit v3进行高质量单核苷酸变异（SNV）检测
单细胞全基因组扩增分析PicoPLEX Single Cell WGA Kit v3
 
以单细胞 (1cell) 和5个细胞 (5 cells) 的GM12878细胞系 (Coriell研究所) 起始 (一式两份)，分别使用PicoPLEX WGA v3,A公司试剂盒和B公司试剂盒，以及bulk gDNA对照制备全基因组扩增产物，进行SNV检测的比较。其中B公司试剂盒虽然制备了足够的扩增产物，但只有5 cells样本中一个包含足够的扩增子进行测序，而其他样本无可用数据进行测序。根据Genome In a Bottle (GIB) 和hg19 (human Genome assembly GRCh37, Ensembl) 数据库的交叉分析，预计GM12879细胞系总共存在78个SNVs。由于扩增子的设计，2×75 bp的读取长度很短，78个SNVs中的4个未能检测到。因此，检测的SNV总数减少到74个。使用VarDict软件，以≥10reads (10X coverage) 和等位基因频率≥20％为基准从BAM文件分析SNV。与其他两个公司试剂盒相比，PicoPLEX WGA v3具有更高的call rates和更低的等位基因丢失率。
（数据来源于Takara Bio USA, Inc.）
 
单细胞全基因组扩增分析PicoPLEX Single Cell WGA Kit v3
图2. 基于PicoPLEX Single Cell WGA Kit v3的CNV检测
 
以来自不同细胞系(GM22601、GM05067和GM12878)的单细胞起始，使用PicoPLEX Single Cell WGA Kit v3扩增基因组。之后取1ng的扩增产物，使用Illumina Nextera XT Kit制备文库，并在Illumina MiSeq（PE 75）进行测序。对Fastq文件去除接头序列信息后，与human genome assembly GRCh37进行比对。只分析常染色体。对于这两个panels，校准归一化至100万reads，使用bedtools 2.25.0计算每1 Mb的 bin的reads数。使用Integrative Genomics Viewer (IGV)绘制bin counts的log2 ratio (Sample/Reference)。PicoPLEX Single Cell WGA Kit v3还显示了可以高品质的进行染色体异倍性分析。
 
单细胞全基因组扩增分析PicoPLEX Single Cell WGA Kit v3
图3. PicoPLEX Single Cell WGA Kit v3的全基因组覆盖范围的重现性高
 
以GM12878的单细胞样本起始（一式两份），分别使用PicoPLEX WGA v3，A公司试剂盒和B公司试剂盒扩增基因组。之后取1ng的扩增产物，使用Illumina Nextera XT Kit制备文库，并在MiSeq（PE 75）进行测序。然后与human genome assembly GRCh37进行比对，归一化至1M reads (0.5M paired-end reads)后，使用bedtools 2.25.0计算每个1 Mb的bin的reads数。对这两个单细胞文库的每个窗口的total read进行绘制，计算Pearson和Spearman相关性并在每个图中标明。
Panel A. 包含异常值的样本。*由于不同技术存在不同的偏差，没有排除相关点，所以图表的比例不同。
Panel B. 排除异常值的样本。与A公司和B公司试剂盒相比，PicoPLEX WGA v3具有更高的重现性和覆盖度。
（数据来源于Takara Bio USA, Inc.）
 
 
Technote：单细胞全基因组扩增分析PicoPLEX Single Cell WGA Kit v3
 
资料下载：单细胞全基因组扩增分析PicoPLEX Single Cell WGA Kit v3
 
产品详情请点击：单细胞全基因组扩增分析PicoPLEX Single Cell WGA Kit v3
 
 
 

页面更新：2024-02-01 08:22:33

单细胞全基因组扩增试剂盒PicoPLEX Single Cell WGA Kit酶试剂盒Takara Clontech

发表于由

上海金畔生物科技有限公司代理Takara酶试剂盒全线产品，欢迎访问官网了解更多产品信息和订购。

单细胞全基因组扩增试剂盒PicoPLEX Single Cell WGA Kit
品牌 Code No. 产品名称 包装量 价格（元） 说明书 数量
Clontech R300671 PicoPLEX® Single Cell WGA Kit 24 Rxns 询价 单细胞全基因组扩增试剂盒PicoPLEX Single Cell WGA Kit 单细胞全基因组扩增试剂盒PicoPLEX Single Cell WGA Kit 单细胞全基因组扩增试剂盒PicoPLEX Single Cell WGA Kit
Clontech R300672 PicoPLEX® Single Cell WGA Kit 96 Rxns 询价 单细胞全基因组扩增试剂盒PicoPLEX Single Cell WGA Kit 单细胞全基因组扩增试剂盒PicoPLEX Single Cell WGA Kit 单细胞全基因组扩增试剂盒PicoPLEX Single Cell WGA Kit
Clontech R300673 PicoPLEX® Single Cell WGA Kit 480 Rxns 询价 单细胞全基因组扩增试剂盒PicoPLEX Single Cell WGA Kit 单细胞全基因组扩增试剂盒PicoPLEX Single Cell WGA Kit 单细胞全基因组扩增试剂盒PicoPLEX Single Cell WGA Kit
收藏产品 加入购物车

无标题文档

 
 
PicoPLEX® Single Cell WGA Kit
· 单细胞（或<15 pg dna）起始，获得可重复结果
· 卓越的等位基因再现性
· 易于使用和自动化
· 清晰的实验结果，不论微阵列还是PCR
 
■ 产品说明：
通过 PicoPLEX Single Cell WGA Kit来扩增DNA，从而实现从单个细胞中获得高度可重复的文库！该试剂盒采用专利技术（U.S. Patents 8,206,913），设计、优化用于从单个细胞中扩增单拷贝基因组DNA。简单易用的单管操作流程减少了手动操作失误，显著缩短了时间并降低了背景。 PicoPLEX Single Cell WGA Kit同样适用于6 pg到50 pg的纯化gDNA，并且兼容微阵列比较基因组杂交（array CGH）分析以及PCR。
 
单细胞全基因组扩增试剂盒PicoPLEX Single Cell WGA Kit
PicoPLEX Single Cell WGA 技术概要
 
■ 产品组成：
· Cell Extraction Buffer
· Extraction Enzyme Dilution Buffer
· Cell Extraction Enzyme
· Pre-Amp W Buffer
· Pre-Amp W Enzyme
· Amplification Buffer
· Amplification Enzyme
· Nuclease-Free Water
 
■ 保存
－20℃
 
 
 
产品详情请点击：单细胞全基因组扩增试剂盒PicoPLEX Single Cell WGA Kit
 
 
 

 

页面更新：2024-02-01 08:22:56

单细胞起始的DNA测序文库构建PicoPLEX Gold Single Cell DNA-Seq Kit酶试剂盒Takara Clontech

发表于由

上海金畔生物科技有限公司代理Takara酶试剂盒全线产品，欢迎访问官网了解更多产品信息和订购。

单细胞起始的DNA测序文库构建PicoPLEX Gold Single Cell DNA-Seq Kit
品牌 Code No. 产品名称 包装量 价格（元） 说明书 数量
Clontech R300669 PicoPLEX® Gold Single Cell DNA-Seq Kit 24 Rxns 询价 单细胞起始的DNA测序文库构建PicoPLEX Gold Single Cell DNA-Seq Kit 单细胞起始的DNA测序文库构建PicoPLEX Gold Single Cell DNA-Seq Kit 单细胞起始的DNA测序文库构建PicoPLEX Gold Single Cell DNA-Seq Kit
Clontech R300670 PicoPLEX® Gold Single Cell DNA-Seq Kit 96 Rxns 询价 单细胞起始的DNA测序文库构建PicoPLEX Gold Single Cell DNA-Seq Kit 单细胞起始的DNA测序文库构建PicoPLEX Gold Single Cell DNA-Seq Kit 单细胞起始的DNA测序文库构建PicoPLEX Gold Single Cell DNA-Seq Kit
Clontech R300698 PicoPLEX® Gold Single Cell DNA-Seq Kit 384 Rxns 询价 单细胞起始的DNA测序文库构建PicoPLEX Gold Single Cell DNA-Seq Kit 单细胞起始的DNA测序文库构建PicoPLEX Gold Single Cell DNA-Seq Kit 单细胞起始的DNA测序文库构建PicoPLEX Gold Single Cell DNA-Seq Kit
收藏产品 加入购物车

无标题文档

 
 
单细胞起始的DNA测序文库构建
PicoPLEX® Gold Single Cell DNA-Seq Kit
· 高重现性和准确性：可用于CNV、SNV和非整倍体检测
· 在SNV和CNV检测方面优于MDA技术
· 三小时的工作流程，手动操作时间不到30分钟
· 均匀的高覆盖率，低的等位基因插入率和脱扣率
 
■ 应用：
适用于以下细胞类型的文库制备：
· 癌症研究：循环肿瘤细胞（CTC）,激光捕获显微切割（LCM）细胞或DNA，
   以及细针抽吸（FNA）细胞；
· 生殖健康研究：胚胎细胞和循环胎儿细胞；
· 发育生物学：胚胎细胞，干细胞和稀有细胞；
· 宏基因组学和微生物学：微生物细胞，微生物组和环境样品。
 
■ 产品说明：
PicoPLEX Gold Single Cell DNA-Seq Kit
PicoPLEX Gold Single Cell DNA-Seq Kit (PicoPLEX Gold) 是一种旨在从单细胞中生成高质量的DNA文库，以便在Illumina平台进行测序的试剂盒。该试剂盒基于PicoPLEX专利技术（U.S. Patents 8,206,913），优化用于检测拷贝数变异 (CNVs)、单核苷酸变异 (SNVs)、插入缺失 (indels) 和结构变异 (SV)。PicoPLEX Gold kit在SNV检测中表现出比MDA技术更好的性能。
PicoPLEX Gold Single Cell DNA-Seq Kit不包含index。兼容的 Index如下所述，需要单独购买。
PicoPLEX WGA是一种在全球被广泛用于检测单细胞中CNV的全基因组扩增（WGA）技术。最初，PicoPLEX技术主要用于高再现性的检测非整倍体异倍性和CNV。为了满足准确检测SNV的需求，对PicoPLEX WGA技术中的酶、引物和protocols进行了进一步优化，不仅提升了扩增的覆盖度、一致性、准确性，同时提高了CNV、SNV、Indel和其他SV的分辨率，并且保持了高重现性。
PicoPLEX Gold Single Cell DNA-Seq Kit可以固定细胞或非固定细胞起始，只需简单的4步操作流程，即可在3小时内完成Illumina NGS文库的构建，且手动操作时间非常短。
 
DNA HT dual index kits
DNA HT dual index kits是与 ThruPLEX或 PicoPLEX文库制备试剂盒搭配使用，用以构建Illumina测序文库的index引物试剂盒。这些试剂盒包含Illumina Nextera® XT v2 index序列对应的index引物，最多可提供384种不同的双端index，用于样本混合测序时的区分。其中index引物预先分装在4个的不同条形码标记的index微孔板中，每个微孔板可提供不同的96种index组合 (Code No.R400660-R400663)，index微孔板（96N Sets A-D）的每个孔提供的量足够进行一次测序反应；另一种是一套中有24个单独的反应管，每个反应管中包含不同的双端index组合（Code No.R400664），且每个反应管（24N）提供的量足够进行两次测序反应。
 
DNA unique dual index kits
DNA unique dual index kits是与 ThruPLEX或 PicoPLEX文库制备试剂盒搭配使用，用以构建Illumina测序文库的index引物试剂盒。这些试剂盒包含“IDT for Illumina UD”对应的index引物，最多可提供96种不同双端index，用于样本混合测序时的区分。index引物预先分装在不同的4组各24个单独的管中，其中每组可提供24种不同index引物组合（Code No.R400665-R400668）。每个index引物管（24U Sets A-D）提供的量足够进行两次测序反应。
 
DNA single index kits
DNA single index kits是与 ThruPLEX或 PicoPLEX文库制备试剂盒搭配使用，用以构建Illumina测序文库的index引物试剂盒。这些试剂盒包含与“TruSeq LT set A”序列对应的index引物，可提供24种单端index，用于样本混合测序时的区分。index引物预先分装在不同的2组各12个单独的管中，其中每组可提供12种不同index引物组合（Code No.R400695和R400697）。每个index引物管（12U Sets A-B）提供的量足够进行8次测序反应。
 
单细胞起始的DNA测序文库构建PicoPLEX Gold Single Cell DNA-Seq Kit
图1. PicoPLEX Gold Single Cell DNA-Seq Kit技术。
PicoPLEX Gold的技术概要。通过step1裂解细胞获得gDNA，通过随机引物进行预扩增 (step 2)，然后进行指数扩增得到测序文库（step 4）。
 
单细胞起始的DNA测序文库构建PicoPLEX Gold Single Cell DNA-Seq Kit
图2. PicoPLEX Gold的主要特点：高覆盖度，高均匀性，和高重现性 (与A产品技术相比)。
Panel A. 图中显示在不同深度的测序中覆盖的碱基数 (～35M read pairs，PE 2 × 150 bp) 。PicoPLEX Gold在较低深度的覆盖度与A产品 (MDA) 相似，在较高深度的覆盖度高于A产品（MDA）。
Panel B. 以gDNA样本 (NA12878) 和单细胞样本 (GM12878) 起始，使用PicoPLEX Gold和A产品进行全基因组扩增。相比较于MDA，PicoPLEX Gold显示出更均匀的覆盖度。
Panel C. 评估覆盖度的重现性。与A产品 (右) 相比，PicoPLEX Gold (左) 的在两个单细胞群之间的一致性明显更好。
 
单细胞起始的DNA测序文库构建PicoPLEX Gold Single Cell DNA-Seq Kit
图3. 使用PicoPLEX Gold进行高质量单核苷酸变异（SNV）检测。
Panel A. 以单细胞（1c），5个细胞（5c）或15 pg的 NA12878 gDNA起始，比较A产品（MDA），PicoPLEX Gold（PP Gold）和 PicoPLEX WGA（PP WGA）这3个试剂盒之间的SNV检测率。其中1个和5个细胞的测序深度为35M read pairs， gDNA样品深度为40M read pairs。PicoPLEX Gold（蓝色）有高的保真度和覆盖度，与A产品（灰色）和PicoPLEX WGA（紫色）相比，可以高质量的检测更多的SNV（2-9倍），具有明显的优势。
Panel B. PicoPLEX Gold（蓝色）的B等位基因频率的对称分布，以0.5为中心，展示两个等位基因的平衡情况。与A产品（MDA）相比，PicoPLEX具有更好的等位基因平衡（灰色）。
Panel C. PicoPLEX Gold的无偏扩增, 在测试的所有单细胞文库制备的技术中，表现出最低的等位基因脱扣率（假阴性）。
Panel D. PicoPLEX Gold试剂盒中的聚合酶具有高保真度（蓝色），使得等位基因插入率与A产品（灰色）相当，且显著低于PicoPLEX WGA（紫色）。
 
 
Technote：单细胞起始的DNA测序文库构建PicoPLEX Gold Single Cell DNA-Seq Kit
 
产品详情请点击：单细胞起始的DNA测序文库构建PicoPLEX Gold Single Cell DNA-Seq Kit
 
 
 

 

页面更新：2024-02-01 08:22:47

单细胞PicoPLEX WGA Kit酶试剂盒Takara Clontech

发表于由

上海金畔生物科技有限公司代理Takara酶试剂盒全线产品，欢迎访问官网了解更多产品信息和订购。

单细胞PicoPLEX WGA Kit
品牌 Code No. 产品名称 包装量 价格（元） 说明书 数量
Clontech R30050 PicoPLEX WGA Kit 50 Rxns 询价 单细胞PicoPLEX WGA Kit 单细胞PicoPLEX WGA Kit 单细胞PicoPLEX WGA Kit
Clontech R300644 PicoPLEX WGA Kit 500 Rxns 询价 单细胞PicoPLEX WGA Kit 单细胞PicoPLEX WGA Kit 单细胞PicoPLEX WGA Kit
收藏产品 加入购物车

无标题文档

 
单细胞全基因组扩增
PicoPLEX® WGA Kit
· 可以单细胞（或<15 pg DNA）起始获得可重复结果
· 出色的等位基因重复性
· 易于使用和自动化
· 清晰的实验结果，不论微阵列还是PCR
 
■ 产品说明：
从单细胞中扩增DNA构建高重复性的文库现在成为可能！PicoPLEX WGA kit采用专利技术（U.S. Patents 8,206,913），设计、优化用于从单细胞中扩增单拷贝基因组DNA。便捷的单管操作流程减少了手动操作的失误，缩短了获得结果的时间并降低背景。PicoPLEX WGA Kit同样也可用于6 pg至50 pg的纯化gDNA，并兼容微阵列比较基因组杂交（array CGH）分析及PCR。
PicoPLEX WGA Kit被IVF行业供应商如BlueGnome信赖并用于胚胎植入前遗传学筛查和诊断(PGS/PGD)。
 
单细胞PicoPLEX WGA Kit
图1. PicoPLEX WGA Kit单管操作流程。
 
单细胞PicoPLEX WGA Kit
图2. PicoPLEX WGA Kit 技术概要。细胞裂解，特殊随机引物DNA选择性预扩展，终轮PCR扩增。
 
单细胞PicoPLEX WGA Kit
图3. 单细胞扩增重复性分析。流式细胞仪分选肿瘤细胞，采用PicoPLEX WGA Kit 扩增。每个细胞（蓝色曲线）扩增比率相同，并且可获得相同的预期产量。不含细胞的样品（绿色曲线；空白模板对照）显示非常低的背景。
 
单细胞PicoPLEX WGA Kit
图4. CNV（拷贝数变异）分析。利用单卵裂球活体组织检查样品采用PicoPLEX WGA Kit扩増标记后，与BlueGnome® 24sure® arrays杂交（Genesis Genetics Institute），结果清晰地显示了CNV。2011年ESHRE （欧洲人类生殖与胚胎学会）的临床实验证明了采用PicoPLEX 技术进行人类染色体核型分析的准确性。
 
 
■ 产品组成
· Cell Extraction Buffer
· Extraction Enzyme Dilution Buffer
· Cell Extraction Enzyme
· Pre-Amp Buffer
· Pre-Amp Enzyme
· Amplification Buffer
· Amplification Enzyme
· Nuclease-Free water
 
■ 保存
－20℃
 
产品详情请点击：单细胞PicoPLEX WGA Kit
 
 

页面更新：2023-07-26 16:15:42

单细胞起始的DNA测序文库构建PicoPLEX Gold Single Cell DNA-Seq Kit酶试剂盒Takara Clontech

发表于由

上海金畔生物科技有限公司代理Takara酶试剂盒全线产品，欢迎访问官网了解更多产品信息和订购。

单细胞起始的DNA测序文库构建PicoPLEX Gold Single Cell DNA-Seq Kit
品牌 Code No. 产品名称 包装量 价格（元） 说明书 数量
Clontech R300669 PicoPLEX® Gold Single Cell DNA-Seq Kit 24 Rxns 询价 单细胞起始的DNA测序文库构建PicoPLEX Gold Single Cell DNA-Seq Kit 单细胞起始的DNA测序文库构建PicoPLEX Gold Single Cell DNA-Seq Kit 单细胞起始的DNA测序文库构建PicoPLEX Gold Single Cell DNA-Seq Kit
Clontech R300670 PicoPLEX® Gold Single Cell DNA-Seq Kit 96 Rxns 询价 单细胞起始的DNA测序文库构建PicoPLEX Gold Single Cell DNA-Seq Kit 单细胞起始的DNA测序文库构建PicoPLEX Gold Single Cell DNA-Seq Kit 单细胞起始的DNA测序文库构建PicoPLEX Gold Single Cell DNA-Seq Kit
Clontech R300698 PicoPLEX® Gold Single Cell DNA-Seq Kit 384 Rxns 询价 单细胞起始的DNA测序文库构建PicoPLEX Gold Single Cell DNA-Seq Kit 单细胞起始的DNA测序文库构建PicoPLEX Gold Single Cell DNA-Seq Kit 单细胞起始的DNA测序文库构建PicoPLEX Gold Single Cell DNA-Seq Kit
收藏产品 加入购物车

无标题文档

 
 
单细胞起始的DNA测序文库构建
PicoPLEX® Gold Single Cell DNA-Seq Kit
· 高重现性和准确性：可用于CNV、SNV和非整倍体检测
· 在SNV和CNV检测方面优于MDA技术
· 三小时的工作流程，手动操作时间不到30分钟
· 均匀的高覆盖率，低的等位基因插入率和脱扣率
 
■ 应用：
适用于以下细胞类型的文库制备：
· 癌症研究：循环肿瘤细胞（CTC）,激光捕获显微切割（LCM）细胞或DNA，
   以及细针抽吸（FNA）细胞；
· 生殖健康研究：胚胎细胞和循环胎儿细胞；
· 发育生物学：胚胎细胞，干细胞和稀有细胞；
· 宏基因组学和微生物学：微生物细胞，微生物组和环境样品。
 
■ 产品说明：
PicoPLEX Gold Single Cell DNA-Seq Kit
PicoPLEX Gold Single Cell DNA-Seq Kit (PicoPLEX Gold) 是一种旨在从单细胞中生成高质量的DNA文库，以便在Illumina平台进行测序的试剂盒。该试剂盒基于PicoPLEX专利技术（U.S. Patents 8,206,913），优化用于检测拷贝数变异 (CNVs)、单核苷酸变异 (SNVs)、插入缺失 (indels) 和结构变异 (SV)。PicoPLEX Gold kit在SNV检测中表现出比MDA技术更好的性能。
PicoPLEX Gold Single Cell DNA-Seq Kit不包含index。兼容的 Index如下所述，需要单独购买。
PicoPLEX WGA是一种在全球被广泛用于检测单细胞中CNV的全基因组扩增（WGA）技术。最初，PicoPLEX技术主要用于高再现性的检测非整倍体异倍性和CNV。为了满足准确检测SNV的需求，对PicoPLEX WGA技术中的酶、引物和protocols进行了进一步优化，不仅提升了扩增的覆盖度、一致性、准确性，同时提高了CNV、SNV、Indel和其他SV的分辨率，并且保持了高重现性。
PicoPLEX Gold Single Cell DNA-Seq Kit可以固定细胞或非固定细胞起始，只需简单的4步操作流程，即可在3小时内完成Illumina NGS文库的构建，且手动操作时间非常短。
 
DNA HT dual index kits
DNA HT dual index kits是与 ThruPLEX或 PicoPLEX文库制备试剂盒搭配使用，用以构建Illumina测序文库的index引物试剂盒。这些试剂盒包含Illumina Nextera® XT v2 index序列对应的index引物，最多可提供384种不同的双端index，用于样本混合测序时的区分。其中index引物预先分装在4个的不同条形码标记的index微孔板中，每个微孔板可提供不同的96种index组合 (Code No.R400660-R400663)，index微孔板（96N Sets A-D）的每个孔提供的量足够进行一次测序反应；另一种是一套中有24个单独的反应管，每个反应管中包含不同的双端index组合（Code No.R400664），且每个反应管（24N）提供的量足够进行两次测序反应。
 
DNA unique dual index kits
DNA unique dual index kits是与 ThruPLEX或 PicoPLEX文库制备试剂盒搭配使用，用以构建Illumina测序文库的index引物试剂盒。这些试剂盒包含“IDT for Illumina UD”对应的index引物，最多可提供96种不同双端index，用于样本混合测序时的区分。index引物预先分装在不同的4组各24个单独的管中，其中每组可提供24种不同index引物组合（Code No.R400665-R400668）。每个index引物管（24U Sets A-D）提供的量足够进行两次测序反应。
 
DNA single index kits
DNA single index kits是与 ThruPLEX或 PicoPLEX文库制备试剂盒搭配使用，用以构建Illumina测序文库的index引物试剂盒。这些试剂盒包含与“TruSeq LT set A”序列对应的index引物，可提供24种单端index，用于样本混合测序时的区分。index引物预先分装在不同的2组各12个单独的管中，其中每组可提供12种不同index引物组合（Code No.R400695和R400697）。每个index引物管（12U Sets A-B）提供的量足够进行8次测序反应。
 
单细胞起始的DNA测序文库构建PicoPLEX Gold Single Cell DNA-Seq Kit
图1. PicoPLEX Gold Single Cell DNA-Seq Kit技术。
PicoPLEX Gold的技术概要。通过step1裂解细胞获得gDNA，通过随机引物进行预扩增 (step 2)，然后进行指数扩增得到测序文库（step 4）。
 
单细胞起始的DNA测序文库构建PicoPLEX Gold Single Cell DNA-Seq Kit
图2. PicoPLEX Gold的主要特点：高覆盖度，高均匀性，和高重现性 (与A产品技术相比)。
Panel A. 图中显示在不同深度的测序中覆盖的碱基数 (～35M read pairs，PE 2 × 150 bp) 。PicoPLEX Gold在较低深度的覆盖度与A产品 (MDA) 相似，在较高深度的覆盖度高于A产品（MDA）。
Panel B. 以gDNA样本 (NA12878) 和单细胞样本 (GM12878) 起始，使用PicoPLEX Gold和A产品进行全基因组扩增。相比较于MDA，PicoPLEX Gold显示出更均匀的覆盖度。
Panel C. 评估覆盖度的重现性。与A产品 (右) 相比，PicoPLEX Gold (左) 的在两个单细胞群之间的一致性明显更好。
 
单细胞起始的DNA测序文库构建PicoPLEX Gold Single Cell DNA-Seq Kit
图3. 使用PicoPLEX Gold进行高质量单核苷酸变异（SNV）检测。
Panel A. 以单细胞（1c），5个细胞（5c）或15 pg的 NA12878 gDNA起始，比较A产品（MDA），PicoPLEX Gold（PP Gold）和 PicoPLEX WGA（PP WGA）这3个试剂盒之间的SNV检测率。其中1个和5个细胞的测序深度为35M read pairs， gDNA样品深度为40M read pairs。PicoPLEX Gold（蓝色）有高的保真度和覆盖度，与A产品（灰色）和PicoPLEX WGA（紫色）相比，可以高质量的检测更多的SNV（2-9倍），具有明显的优势。
Panel B. PicoPLEX Gold（蓝色）的B等位基因频率的对称分布，以0.5为中心，展示两个等位基因的平衡情况。与A产品（MDA）相比，PicoPLEX具有更好的等位基因平衡（灰色）。
Panel C. PicoPLEX Gold的无偏扩增, 在测试的所有单细胞文库制备的技术中，表现出最低的等位基因脱扣率（假阴性）。
Panel D. PicoPLEX Gold试剂盒中的聚合酶具有高保真度（蓝色），使得等位基因插入率与A产品（灰色）相当，且显著低于PicoPLEX WGA（紫色）。
 
 
Technote：单细胞起始的DNA测序文库构建PicoPLEX Gold Single Cell DNA-Seq Kit
 
产品详情请点击：单细胞起始的DNA测序文库构建PicoPLEX Gold Single Cell DNA-Seq Kit
 
 
 

 

页面更新：2024-02-01 08:22:47