该产品已停产，推荐替代产品为 NEBNext^® Ultra^™II Directional RNA Library Prep Kit for Illumina（E7760L）

The NEBNext® Ultra^™Directional RNA Library Prep Kit for Illumina® contains reagents for preparation of strand-specific RNA libraries for Illumina sequencing. Please note that adaptors, primers, rRNA depletion

reagents and poly(A) mRNA isolation reagents are not included in the kit and are available separately.

Ultra Directional RNA Library Preparation for Illumina

NEBNext® RNA 去除核心试剂 – 含 RNA 纯化磁珠

 RNAse-H 的高效工作流程结合在线工具设计的紧密间距探针，无论 RNA 质量高低，无论 RNA 起始量多少，都能高效去除 rRNA

·   ·使用 NEBNext® Custom RNA Depletion Design Tool 设计的探针序列，可从任意物种中去除不需要的 RNA

·   ·起始量范围广：10 ng – 1 μg

·   · 同时适用于低质量和高质量 RNA 样本

·   · 超快速工作流程：仅需 2 小时，手动操作时间少于 10 分钟

·   · 可提供 RNAClean® 磁珠

 在 RNA-seq 中，高丰度转录本如核糖体 RNA（rRNA）会占据绝大部分测序数据，但它的生物学意义极低，并会掩盖那些具有真正生物学意义的低丰度转录本的检测。当某种样品没有相应的 RNA 去除试剂盒时，这一挑战变的更为严峻。NEBNext® RNA 去除核心试剂提供客户定制，可以从任意物种中去除不需要的 RNA，探针设计工具操作简单方便（NEBNext® Custom RNA Depletion Design Tool）。

 通过联合使用 NEB 提供的 NEBNext® RNA 去除核心试剂和客户自行设计定制的探针，去除不需要的 RNA，工作流程如下：

第一步：使用在线的 NEBNext® Custom RNA Depletion Design Tool，输入目标 RNA 序列，获得定制的探针序列。

第二步：从您信任的供应商处订购 ssDNA 寡核苷酸探针。

第三步：探针与 NEBNext® 定制 RNA 去除核心试剂一起使用，或与其它 NEBNext® RNA 去除试剂盒联合使用。

不同起始量、不同物种的样本，NEBNext® 定制 RNA 去除试剂盒均能高效去除目标 RNA，富集目的 RNAs。使用 NEBNext® Custom RNA Depletion Design Tool 针对埃及伊蚊、超嗜热原始菌和激烈火球菌的 rRNA 设计探针。使用 RNA 去除核心试剂盒和设计的探针从 1 µg、100 ng 和 10 ng 总 RNA 中去除 rRNA。使用 NEBNext® Ultra™ II RNA 定向文库制备试剂盒制备文库，并进行 Illumina 双端测序（2 x 75 bp）。从每个文库中抽取（seqtk）2000 万个 Reads。使用 Mirabait（6 个或更多，25-mers）鉴定 rRNA，残留的 rRNA 水平是通过将匹配上的 Reads 数除以质控过滤后的总 Reads 数计算得出。数据代表 3 次重复的平均值。结果表明：不同起始量（1 µg – 10 ng）、不同物种的样本，NEBNext® 定制 RNA 去除方法均能高效去除目标 RNA。

使用 NEBNext® 定制 RNA 去除试剂盒去除目标 RNA，不会影响目的转录本的丰度。使用 NEBNext® Custom RNA Depletion Design Tool 针对埃及伊蚊的 rRNA 设计探针。埃及伊蚊成虫（Benzon Research）。使用 Monarch® 总 RNA 小量提取试剂盒（NEB #T2010S）从埃及伊蚊成虫（Benzon Research）中提取总 RNA。使用 RNA 去除核心试剂盒和设计的探针从 100 ng 和 10 ng 总 RNA 中去除 rRNA。使用 NEBNext® Ultra™ II RNA 定向文库制备试剂盒制备文库，并进行 Illumina 双端测序（2 x 75 bp）。从去除后的文库中抽取（seqtk）2000 万个 Reads，从未去除的文库中抽取 2 亿个 Reads。使用 Salmon 和来自 Vectorbase（AaegL5.2 assembly）的转录本计算转录本的丰度。图中显示了线性拟合的 Read 计数和 R² 值。图 A 表明：去除不影响目的转录本的丰度。图 B 表明：不同起始量在多次重复实验中转录本丰度保持一致。

组合探针能有效去除人 rRNA 和线粒体 mRNA。使用 NEBNext® Custom RNA Depletion Design Tool 针对人线粒体 mRNA 设计探针。设计的探针与 NEBNext® rRNA 去除试剂盒 v2（人/小鼠/大鼠）的探针组合使用。使用组合探针从 1 µg 人通用参考总 RNA（Agilent®）中去除线粒体 RNA 和 rRNA。使用 NEBNext® Ultra™ II RNA 定向文库制备试剂盒制备文库，并进行 Illumina 双端测序（2 x 75 bp）。从每个文库中抽取（seqtk）2000 万个 Reads。图（A）使用 Mirabait（6 个或更多，25-mers）鉴定 rRNA 和线粒体 RNA，残留的 rRNA 和 mtRNA 水平是通过将匹配上的 Reads 数除以质控过滤后的总 Reads 数计算得出。rRNA 和线粒体 RNA 都被有效地去除。图 B 中 IGV 图显示了人类线粒体基因上的覆盖度。