自动化高通量的单细胞全长转录组分析(SMART-Seq Pro)酶试剂盒Takara Clontech

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自动化高通量的单细胞全长转录组分析(SMART-Seq Pro)
品牌 Code No. 产品名称 包装量 价格(元) 说明书 数量
Clontech 640257 SMART-Seq Pro Application Kit 2 Chips 询价 自动化高通量的单细胞全长转录组分析(SMART-Seq Pro) 自动化高通量的单细胞全长转录组分析(SMART-Seq Pro) 自动化高通量的单细胞全长转录组分析(SMART-Seq Pro)
Clontech 640192 ICELL8® 384-Well Source Plate and Seal Each 询价 自动化高通量的单细胞全长转录组分析(SMART-Seq Pro) 自动化高通量的单细胞全长转录组分析(SMART-Seq Pro)
Clontech 640018 MSND 384-Well Source Plate and Seal 20/Pack 询价 自动化高通量的单细胞全长转录组分析(SMART-Seq Pro) 自动化高通量的单细胞全长转录组分析(SMART-Seq Pro)
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自动化高通量的单细胞全长转录组分析(SMART-Seq Pro) 延伸 自动化高通量的单细胞全长转录组分析(SMART-Seq Pro) 自动化高通量的单细胞全长转录组分析(SMART-Seq Pro) 自动化高通量的单细胞全长转录组分析(SMART-Seq Pro)
 
  自动化高通量的单细胞全长转录组分析(SMART-Seq Pro)
 
SMART-Seq技术助力ICELL8 cx系统单细胞全长转录组分析方案
 
全长序列覆盖可以实现对整个转录的差异表达分析,并且可以对基因融合、剪接体这类生物标志物进行检测。高灵敏度的SMART-Seq Pro可以胜任以上分析需求。
SMART-Seq Pro Application Kit将SMART-Seq试剂与ICELL8 cx Single-Cell System(Cat No. 640188)相结合,并整合了生物信息学工具,提供一套端到端的单细胞全长转录组分析流程,一次实验可以对1,200~1,500个分离的单细胞进行高效的全长转录组分析。
通过ICELL8 cx系统将细胞分注到ICELL8 350v Chip(Cat No. 640019)空白微孔芯片中。使用ICELL8 cx CellSelect Software鉴定出含单个细胞的微孔,文库构建试剂只被分注到这些选中的微孔中。经过一系列分注和扩增步骤后,获得无偏倚的全长cDNA,并通过Illumina Bead-Linked Transposome(BLT)完成酶切片段化。在这一扩展性的工作流程中,cDNA扩增阶段引入了Illumina特异性接头序列,生成的文库已连接index接头,可直接用于Illumina测序平台。测序过程结束后,获得的测序数据可直接导入Cogent NGS软件工具进行生物信息学分析,解释测序结果。
 
NOTE:旧版本SMART-Seq Application Kit(Cat No. 640222)依然可以购买。
 
更多孔板测序应用,请参见 单细胞RNA-Seq / DNA-Seq
 
■ 概述
· 端到端的解决方案:从文库制备到测序数据分析工具
· 覆盖全长mRNA:捕获转录组中“深藏”的关键生物标志物,如基因融合、剪接异构体
· 高通量单细胞分析:可以平行地从>1,000个单细胞中生成测序数据
· 样品配置灵活:一次实验最多可对八种细胞样品进行分析
· 减少样品操作:减小数据波动,构建测序文库前自动鉴定并分选出感兴趣的细胞,仅对这些细胞进行试剂分注
· Illumina平台测序文库:制备的测序文库适用于Illumina全系平台
 
■应用
用于Illumina平台上高通量全长单细胞转录组测序文库制备
自动化高通量的单细胞全长转录组分析(SMART-Seq Pro)
图1. SMART-Seq Pro和Smart-seq2在PBMCs中基因检测结果比较
 
 
自动化高通量的单细胞全长转录组分析(SMART-Seq Pro)Technote:
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自动化高通量的单细胞全长转录组分析(SMART-Seq Pro)点击下载SMART-Seq Pro海报
 
 

页面更新:2023-02-09 11:55:02

组织透明化试剂作为一种组织透明化技术,专门用于支持3D细胞培养模型的成像和基于培养板的高通量分析

组织透明化试剂作为一种组织透明化技术,专门用于支持3D细胞培养模型的成像和基于培养板的高通量分析

货号:
5731

品牌:
Corning

产品简介
单位
英文名称 3D Clear Reagent, 10ML, 1 Bottle/Pack, 1Bottle/Case
规格 1瓶/箱

SPH-113H高通量平行合成仪

SPH-113H高通量平行合成仪

SPH-113H高通量平行合成仪

产品编号:
市场价:¥0.00
会员价:¥0.00
品牌:中文
生产厂家:

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SPH-113H高通量平行合成仪

 

 

 

 

产品型号
SPH-113H高通量平行合成仪

 

产品介绍

   这是专为组合合成、药物研究、新分子合成以及研究和优化化学反应、新催化剂等行业研发设计的组合化学和多产品合成设备。采用国内独创的单轴驱动平衡装置先进技术,可靠性高、消耗功率小、无机械硬磨擦、无噪音。

   该产品按反应板温度区域数量不同分为单区反应和多区反应;按多区反应板功能不同可分为加热型、加热/冷却型、回流型;按试管容量不同及试管的装载数量不同又可分成多个品种规格。

产品特点
?模块化设计理念
1、一个反应模块或一个多温度区反应模块。
2、一个数字温度控制器。
3、一个测量反应模块温度的热电偶。
4、一个台式振荡器。
?多温度区反应模式
1、多温度区反应模块各带独立的循环通道、独立的温度控制单元。
2、多温度区反应模块的各个温度区可使用不同规格的瓶子,可进行不同温度和不同规格反应瓶的反应。
3、反应瓶的数量决定于反应瓶的大小和模块的样式。
4、在不同反应中可选用不同体积的反应块。
5、可稳定、均一、准确地同时控制多个反应的速度。
6、反应区模块提供的加热装置,可适用于可移动内置模块或滴定板。
7、可提供多路9段十八步的定时升温可编程控制(备选件)。
?不断的振荡使样品快速和稳定的混合。
?即插急用概念实现简单操作。
?内置式过程定时器可实现无人操作。
?外接冷却器可冷却至—80℃。

技术特点

  • 微处理芯片PID型温度控制设计,温度线性好、波动小、温度均一性达到±0.1℃。
  • 智能化声/光报警环境扫描处理控制器。
  • 人机友好的图案操作界面,大屏幕背光液晶显示屏。
  • 具有运行参数记忆保存功能、可避免繁琐操作。
  • 温度高于高温保护温度或温度低于保护温度时,设备自动停机并发出声响警报。
  • 采用内置大面积板式加热设计,确保具有良好的温度均一性。
  • 双通道、水循环设计,配以制冷循环系统,可大幅度扩展工作温度范围。
  • 独特的多孔反应板设计,可一次装载多个反应罐。
  • 豪华典雅的整机造型极富美学设计理念。

技 术 参 数

型号

SPH-113H-40

SPH-113H-15

SPH-113H-08

SPH-113H-04

温度范围℃

环境温度-200

环境温度-200

环境温度-200

环境温度-200

温控精度℃

±0.1

±0.1

±0.1

±0.1

定时范围(H)

0-500

0-500

0-500

0-500

旋转频率(rpm)

50-300

50-300

50-300

50-300

水循环道(个)

2

2

2

2

消耗功率(W)

2160

2160

2160

2160

电源

220/50

220/50

220/50

220/50

反应板尺寸

420*288

420*288

420*288

420*288

装载量(直径*孔数)

f28*63

f21*88

f17*120

f15*120

组织透明化试剂作为一种组织透明化技术,专门用于支持3D细胞培养模型的成像和基于培养板的高通量分析

组织透明化试剂作为一种组织透明化技术,专门用于支持3D细胞培养模型的成像和基于培养板的高通量分析

货号:
5733

品牌:
Corning

产品简介
单位
英文名称 Corning 3D Tissue Clearing Reagent, 100ML, 1 Bottle/Pack, 1Bottle/Case
规格 1瓶/箱

组织透明化试剂作为一种组织透明化技术,专门用于支持3D细胞培养模型的成像和基于培养板的高通量分析

组织透明化试剂作为一种组织透明化技术,专门用于支持3D细胞培养模型的成像和基于培养板的高通量分析

货号:
5732

品牌:
Corning

产品简介
单位
英文名称 Clear Reagent, 30ML, 1 Bottle/Pack, 1 Bottle/Case
规格 1瓶/箱

基因编辑后高通量SNP筛选酶试剂盒Takara Clontech

上海金畔生物科技有限公司代理Takara酶试剂盒全线产品,欢迎访问官网了解更多产品信息和订购。

基因编辑后高通量SNP筛选
品牌 Code No. 产品名称 包装量 价格(元) 说明书 数量
Clontech 632652 Guide-it SNP Screening Kit(库存销售完毕即终卖) 100 Rxns ¥5,179 基因编辑后高通量SNP筛选 基因编辑后高通量SNP筛选 基因编辑后高通量SNP筛选
Clontech 632653 Guide-it SNP Screening Kit(库存销售完毕即终卖) 400 Rxns ¥13,103 基因编辑后高通量SNP筛选 基因编辑后高通量SNP筛选 基因编辑后高通量SNP筛选
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          基因敲除    
          基因编辑后高通量SNP筛选 基因编辑后高通量SNP筛选 基因编辑后高通量SNP筛选
基因编辑后高通量SNP筛选 基因编辑后高通量SNP筛选 基因编辑后高通量SNP筛选            
  基因敲入        
          基因编辑后高通量SNP筛选        
 
 
检测基因编辑后细胞群中的单核苷酸替换
Guide-it SNP Screening Kit
· 高通量SNP筛选,无需测序
· 操作流程简单、快速,4小时可完成
· 在任意基因位点检测任意核苷酸替换
· 无论是哪种合子型,都可以识别出基因编辑后的细胞克隆
Guide-it SNP Screening Kit可以检测CRISPR/Cas9系统编辑后的细胞群中的单核苷酸替换,在96孔板中快速识别出基因编辑后的细胞克隆。整个操作流程简单快速,首先通过PCR扩增基因组靶标位点,之后使用识别特定结构的核酸内切酶进行酶切反应,然后读取荧光值就可以完成单核苷酸替换检测。无论需要检测的核苷酸替换类型、细胞克隆的接合性或者靶标位点的基因序列如何,都可以使用这个方法进行检测。了解此试剂盒的原理以及更多产品特点,您可以登录FAQs页面观看视频录像。
 
基因编辑技术其中一个强大的应用,就是在特定的基因组位点导入核苷酸替换,去模拟与人类疾病相关的单核苷酸多态性(SNPs)或者插入终止密码子以实现准确的基因敲除。然而,要从数以百计的克隆中筛选出一个对单核苷酸进行了编辑的细胞克隆,这对我们来说仍然是一个挑战,尤其是在没有相应的表型的情况下。而Guide-it SNP Screening Kit可以充分满足这个需求,让您在数百个细胞克隆中轻松筛选出单核苷酸编辑。
 
应用:
· 快速检测基因编辑后细胞群中的单核苷酸替换
· SNP基因分型
 
Video & FAQs
SNP Screening Kit Video & FAQs
 
 
实验例:
基因编辑后高通量SNP筛选
图1 Guide-it SNP Screening Kit 操作流程示意图。此示范操作流程描述了G>A替换(野生型鸟嘌呤编辑为腺嘌呤)的检测过程。基因编辑后,通过FACS或者有限稀释法分离单细胞并扩大培养成为克隆细胞系,野生型(G,上面)细胞系和核苷酸编辑成功的细胞系(A,下面)。之后提取基因组DNA,PCR扩增靶标位点附近的序列区域,所产生的PCR产物(蓝色)会与两个不同的互补寡核苷酸——一个displacement oligo(绿色)和一个 flap-probe oligo (深/浅紫色)进行杂交,flap-probe oligo 5’端包含一段不互补的固定序列(浅紫色),这段序列形成了flap。Oligos与PCR产物相杂交会形成以上两种结构中的其中一种结构,当然这取决于基因编辑的结果。当基因编辑成功发生时,flap-probe oligo在靶标位点形成完全的碱基配对,这时候产生的结构是一个double-flap结构(下面)。Double-flap结构由Guide-it Flap Detector识别检出,Guide-it Flapase核酸酶特异性剪切并释放出flap,从而产生荧光信号。当没有发生基因编辑时,flap-probe oligo在靶标位点不会形成完全的碱基配对,从而形成一个带有缺口的结构(上面),这个结构不能被Guide-it Flapase核酸酶剪切,也就不会产生荧光信号。通过这种方式,使用Guide-it SNP Screening Kit检测荧光信号就可以确认是否发生了预期的核苷酸替换。
 
基因编辑后高通量SNP筛选
图2 比较纯合子、杂合子和野生型细胞样品的SNP筛选结果。分别以纯合子、杂合子和野生型细胞为样品,使用Guide-it SNP Screening Kit检测所标明的核苷酸替换。在每一组检测结果中,在纯合子和杂合子样品(分别为蓝色和紫色)中所检测到荧光信号值相差不大。
 
基因编辑后高通量SNP筛选
图3 使用Guide-it SNP Screening Kit检测基因分型。本实验例中的SNPs样品均来自于Coriell研究所,这些样品在两个基因组位点(NCP1或者CFT基因)中的其中一个位点上携带了SNPs。使用Guide-it SNP Screening Kit(柱形图)和Sanger测序进行分析。Panel A. NCP1基因型分析。使用分别检测A或者G的两个flap-probe oligos独立进行实验,分析确定哪些样品是A>G替换的纯合子,哪些是杂合子。Panel B. CFTR基因型分析。分析确定哪些样品是没有发生T>A替换的野生型,哪些是T>A替换的纯合子。所有检测结果都通过Sanger测序进行了确认(结果显示在柱形图下面每个样品的下方)。
 
基因编辑后高通量SNP筛选
图4 利用Guide-it SNP Screening Kit在多个人类基因组位点检测核苷酸替换。以野生型或者纯合子来源的基因组DNA(从Coriell研究所获取)为样品,使用Guide-it SNP Screening Kit分析所标明的碱基替换。结果表明所有的碱基替换均可以被成功检测到,与野生型(橙色)和阴性对照(灰色)样品所获得的荧光信号相比,发生了所标明的核苷酸替换的纯合子(蓝色)样品产生了强荧光信号就可以说明这一点。
 
■ 产品组份
· MightyPrep Reagent for DNA
· Guide-it SNP Positive Control Mix
· Guide-it SNP Negative Control Mix
· Terra PCR Direct Polymerase Mix
· 2X Terra PCR Direct Buffer (with Mg2+, dNTP)
· Dilution Buffer
· RNase-free Water
· Annealing Buffer
· Flapase Buffer
· Guide-it Flapase
· Guide-it Flap Detector (40X)
 
 
产品详情请点击:基因编辑后高通量SNP筛选
 
 

页面更新:2020-03-05 11:04:53

自动化高通量的单细胞人T细胞受体分析酶试剂盒Takara Clontech

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自动化高通量的单细胞人T细胞受体分析
品牌 Code No. 产品名称 包装量 价格(元) 说明书 数量
Clontech 640200 ICELL8® cx TCR Chip 1 Chip 询价 自动化高通量的单细胞人T细胞受体分析 自动化高通量的单细胞人T细胞受体分析 自动化高通量的单细胞人T细胞受体分析
Clontech 640179 ICELL8® Human TCR a/b Profiling – Indexing Primer Set 1 Chip 询价 自动化高通量的单细胞人T细胞受体分析 自动化高通量的单细胞人T细胞受体分析 自动化高通量的单细胞人T细胞受体分析
Clontech 640180 ICELL8® Human TCR a/b Profiling – Indexing Primer Set 5 Chips 询价 自动化高通量的单细胞人T细胞受体分析 自动化高通量的单细胞人T细胞受体分析 自动化高通量的单细胞人T细胞受体分析
Clontech 640181 ICELL8® Human TCR a/b Profiling – Indexing Primer Set 10 Chips 询价 自动化高通量的单细胞人T细胞受体分析 自动化高通量的单细胞人T细胞受体分析 自动化高通量的单细胞人T细胞受体分析
Clontech 640182 ICELL8® Human TCR a/b Profiling Reagent Kit Each 询价 自动化高通量的单细胞人T细胞受体分析 自动化高通量的单细胞人T细胞受体分析 自动化高通量的单细胞人T细胞受体分析
Clontech 640212 ICELL8® Collection Kit – L 1 Pkg 询价 自动化高通量的单细胞人T细胞受体分析 自动化高通量的单细胞人T细胞受体分析 自动化高通量的单细胞人T细胞受体分析
Clontech 640197 ICELL8® cx Loading Kit 1 Pkg 询价 自动化高通量的单细胞人T细胞受体分析 自动化高通量的单细胞人T细胞受体分析 自动化高通量的单细胞人T细胞受体分析
Clontech 640192 ICELL8® 384-Well Source Plate and Seal (5/pack) Each 询价 自动化高通量的单细胞人T细胞受体分析 自动化高通量的单细胞人T细胞受体分析 自动化高通量的单细胞人T细胞受体分析
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高通量地阐明单细胞中T细胞受体Alpha-Beta链多样性
· 灵敏性更高:基于RACE技术保证低丰度TCR变体的检出
· 特异性更强:获得全长reads,目的reads占比高,更正确的配对信息
· 5’端捕获测序差异表达分析:通过比对5’末端信息,产生所有转录本差异表达数据
· 灵活、高通量的单细胞分析:单次实验同时分析8个样品,生成上千单细胞的测序数据
 
■ 应用领域
· 人单细胞TCR库分析(TCRα和TCRβ克隆型)
· 5’端差异表达分析
 
■ 产品说明
Takara Bio高通量TCR免疫组库解决方案应用SMART技术(Switching Mechanism at 5’End of RNA Template)和基于5’RACE的方法,用于捕获由ICELL8 cx Single-Cell System(Code No. 640188)分选得到的上千“活的单细胞”的TCR转录本完整V(D)J可变区域。产生的文库可同时提供α链和β链的多样性信息。
实验流程中,cDNA扩增阶段整合了Illumina特异的接头序列,产生的文库带有index接头,可直接用于Illumina平台测序。Takara Bio高通量TCR免疫组库解决方案也可以同时支持5’末端差异表达分析。
ICELL8 cx单细胞分选系统上,与单个T细胞一起被分注到TCR芯片(Code No. 640200)上的还有阳性对照和阴性对照。每个TCR芯片含有5,184个纳升级微孔,预制了1,728种Barcode,每个Barcode在芯片上被预制3次。使用CellSelect软件鉴定出具有“活的单细胞”微孔后,SMART RT-PCR试剂将被分注到含“活单细胞”的微孔中,用于后续分析。连接了Barcode序列的cDNA继续在微孔芯片上完成PCR扩增。接下来,从芯片中将连接好Barcode序列的扩增产物集中收集,并进行纯化。纯化后的cDNA作为第一轮TCR特异性PCR的模板,而第一轮TCR特异性PCR的产物作为第二轮TCR特异性PCR的模板,并整合Illumina index序列引物。
 
■ 产品组分
完整的工作流程需要下列Takara Bio产品。请参考User Manual得到一份完整的试剂耗材清单:
用于ICELL8 cx Single-Cell System
· ICELL8 cx TCR Chip (Code No. 640200)
· ICELL8 Human TCR a/b Profiling Reagent Kit (Code No. 640182)
· ICELL8 Human TCR a/b Profiling Indexing Primer Set (Code No. 640179, 640180, 640181)*
· ICELL8 Collection Kit-L (Code No. 640212)
· ICELL8 cx Loading Kit (Code No. 640197)
User Manual:ICELL8® cx Human TCR a/b Profiling user Manual
*NOTE:Code No. 640179包含的Primer量足够1张芯片使用,若实验中需要使用多张芯片,请购买合适的indexing primer set。640180适用于5张芯片的实验,640181适用于10张芯片的实验。
 
自动化高通量的单细胞人T细胞受体分析
图1 ICELL8 Human TCR a/b Profiling技术原理流程图
 
自动化高通量的单细胞人T细胞受体分析
图2 ICELL8 Human TCR a/b Profiling实验流程图
 
使用ICELL8单细胞分选系统对T细胞和PBMCs样品进行单细胞分选及后续单细胞TCR克隆型分析(图3)和5’端差异表达分析(图4)。
自动化高通量的单细胞人T细胞受体分析
图3. T细胞与PBMCs的克隆型read计数 使用Excel对MiXCR软件输出结果进行筛选,为大于阴性对照(1X PBS)的TCRa和TCRb克隆类型定义一个read阈值(绿色实线为阈值线,对应read计数值为8)。数据使用统计软件JMP进行分析,并将结果绘制成箱图。图中点代表一个细胞中的TCRa(蓝色)和TCRb(红色)克隆型。阴性对照用于阈值设定,以便对分析样品和NTC(或低read克隆型)进行区分。Negative control 15个,Positive control 15个,T cells 530个,PBMCs 590个。
 
点击查看Technote
 
自动化高通量的单细胞人T细胞受体分析
图4. T细胞与PBMCs的5’端差异表达分析 使用与图3相同来源的cDNA进行单细胞5’端差异表文库构建,评估每个Barcode获得的reads数。箱图中每个点代表一个指定细胞中检测到的reads数。文库测序由NextSeq® 550测序平台完成,每个细胞产生平均30K reads。在PBMCs和T细胞中平均检测到~1,150个基因。Negative control 15个,Positive control 15个,T cells 530个,PBMCs 590个。
 
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■ 参考文献
Litjens, Nicolle H. R., et al. Validation of a combined transcriptome and T cell receptor Alpha/Beta (TRA/TRB) repertoire assay at the single cell level for paucicellular samples. Front. Immunol., 11, (2020)
 
 
产品详情请点击:自动化高通量的单细胞人T细胞受体分析
 
视频资料:《ICELL8系统T细胞受体测序(TCR-Seq)解决方案》
 

页面更新:2021-02-02 11:38:57

自动化高通量的单细胞全长转录组分析酶试剂盒Takara Clontech

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自动化高通量的单细胞全长转录组分析
品牌 Code No. 产品名称 包装量 价格(元) 说明书 数量
Clontech 640219 SMART-Seq® ICELL8® Application Kit – 1 Chip 1 Rxn 询价 自动化高通量的单细胞全长转录组分析 自动化高通量的单细胞全长转录组分析 自动化高通量的单细胞全长转录组分析
Clontech 640183 ICELL8® 250v Chip 1 Chip 询价 自动化高通量的单细胞全长转录组分析 自动化高通量的单细胞全长转录组分析 自动化高通量的单细胞全长转录组分析
Clontech 640202 SMART-Seq® ICELL8® Reagent Kit 1 Chip 询价 自动化高通量的单细胞全长转录组分析 自动化高通量的单细胞全长转录组分析 自动化高通量的单细胞全长转录组分析
Clontech 640203 SMART-Seq® ICELL8® Reagent Kit 3 Chips 询价 自动化高通量的单细胞全长转录组分析 自动化高通量的单细胞全长转录组分析 自动化高通量的单细胞全长转录组分析
Clontech 640204 SMART-Seq® ICELL8® Reagent Kit 5 Chips 询价 自动化高通量的单细胞全长转录组分析 自动化高通量的单细胞全长转录组分析 自动化高通量的单细胞全长转录组分析
Clontech 640205 SMART-Seq® ICELL8® Indexing Primer Set – A 1 Chip 询价 自动化高通量的单细胞全长转录组分析 自动化高通量的单细胞全长转录组分析 自动化高通量的单细胞全长转录组分析
Clontech 640218 SMART-Seq® ICELL8® Indexing Primer Set – B 1 Chip 询价 自动化高通量的单细胞全长转录组分析 自动化高通量的单细胞全长转录组分析 自动化高通量的单细胞全长转录组分析
Clontech 640212 ICELL8® Collection Kit – L 1 Pkg 询价 自动化高通量的单细胞全长转录组分析 自动化高通量的单细胞全长转录组分析 自动化高通量的单细胞全长转录组分析
Clontech 640206 ICELL8® Loading Kit – B 1 Pkg 询价 自动化高通量的单细胞全长转录组分析 自动化高通量的单细胞全长转录组分析 自动化高通量的单细胞全长转录组分析
Clontech 640048 ICELL8® Collection Kit 1 Pkg 询价 自动化高通量的单细胞全长转录组分析 自动化高通量的单细胞全长转录组分析 自动化高通量的单细胞全长转录组分析
Clontech 640192 ICELL8® 384-Well Source Plate and Seal (5/pack) Each 询价 自动化高通量的单细胞全长转录组分析 自动化高通量的单细胞全长转录组分析 自动化高通量的单细胞全长转录组分析
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自动化高通量的单细胞全长转录组分析 延伸 自动化高通量的单细胞全长转录组分析 自动化高通量的单细胞全长转录组分析 自动化高通量的单细胞全长转录组分析
 
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SMART-Seq Pro Application Kit将SMART-Seq试剂与ICELL8 cx Single-Cell System(Cat No. 640188)相结合,并整合了生物信息学工具,提供一套端到端的单细胞全长转录组分析流程,一次实验可以对1,200~1,500个分离的单细胞进行高效的全长转录组分析。
通过ICELL8 cx系统将细胞分注到ICELL8 350v Chip(Cat No. 640019)空白微孔芯片中。使用ICELL8 cx CellSelect Software鉴定出含单个细胞的微孔,文库构建试剂只被分注到这些选中的微孔中。经过一系列分注和扩增步骤后,获得无偏倚的全长cDNA,并通过Illumina Bead-Linked Transposome(BLT)完成酶切片段化。在这一扩展性的工作流程中,cDNA扩增阶段引入了Illumina特异性接头序列,生成的文库已连接index接头,可直接用于Illumina测序平台。测序过程结束后,获得的测序数据可直接导入Cogent NGS软件工具进行生物信息学分析,解释测序结果。
 
NOTE:旧版本SMART-Seq Application Kit(Cat No. 640222)依然可以购买。
 
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■ 概述
· 端到端的解决方案:从文库制备到测序数据分析工具
· 覆盖全长mRNA:捕获转录组中“深藏”的关键生物标志物,如基因融合、剪接异构体
· 高通量单细胞分析:可以平行地从>1,000个单细胞中生成测序数据
· 样品配置灵活:一次实验最多可对八种细胞样品进行分析
· 减少样品操作:减小数据波动,构建测序文库前自动鉴定并分选出感兴趣的细胞,仅对这些细胞进行试剂分注
· Illumina平台测序文库:制备的测序文库适用于Illumina全系平台
 
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自动化高通量的单细胞人T细胞受体分析
品牌 Code No. 产品名称 包装量 价格(元) 说明书 数量
Clontech 640178 ICELL8® TCR Chip 1 Chip 询价 自动化高通量的单细胞人T细胞受体分析 自动化高通量的单细胞人T细胞受体分析
Clontech 640179 ICELL8® Human TCR a/b Profiling – Indexing Primer Set 1 Chip 询价 自动化高通量的单细胞人T细胞受体分析 自动化高通量的单细胞人T细胞受体分析 自动化高通量的单细胞人T细胞受体分析
Clontech 640180 ICELL8® Human TCR a/b Profiling – Indexing Primer Set 5 Chips 询价 自动化高通量的单细胞人T细胞受体分析 自动化高通量的单细胞人T细胞受体分析 自动化高通量的单细胞人T细胞受体分析
Clontech 640181 ICELL8® Human TCR a/b Profiling – Indexing Primer Set 10 Chips 询价 自动化高通量的单细胞人T细胞受体分析 自动化高通量的单细胞人T细胞受体分析 自动化高通量的单细胞人T细胞受体分析
Clontech 640182 ICELL8® Human TCR a/b Profiling Reagent Kit Each 询价 自动化高通量的单细胞人T细胞受体分析 自动化高通量的单细胞人T细胞受体分析 自动化高通量的单细胞人T细胞受体分析
Clontech 640048 ICELL8® Collection Kit 1 Pkg 询价 自动化高通量的单细胞人T细胞受体分析 自动化高通量的单细胞人T细胞受体分析 自动化高通量的单细胞人T细胞受体分析
Clontech 640109 ICELL8® Loading Kit 1 Pkg 询价 自动化高通量的单细胞人T细胞受体分析 自动化高通量的单细胞人T细胞受体分析 自动化高通量的单细胞人T细胞受体分析
Clontech 640192 ICELL8® 384-Well Source Plate and Seal (5/pack) Each 询价 自动化高通量的单细胞人T细胞受体分析 自动化高通量的单细胞人T细胞受体分析
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高通量地阐明单细胞中T细胞受体Alpha-Beta链多样性
· 灵敏性更高:基于RACE技术保证低丰度TCR变体的检出
· 特异性更强:获得全长reads,目的reads占比高,更正确的配对信息
· 5’端捕获测序差异表达分析:通过比对5’末端信息,产生所有转录本差异表达数据
· 灵活、高通量的单细胞分析:单次实验同时分析8个样品,生成上千单细胞的测序数据
 
■ 应用领域
· 人单细胞TCR库分析(TCRα和TCRβ克隆型)
· 5’端差异表达分析
 
■ 产品说明
Takara Bio高通量TCR免疫组库解决方案应用SMART技术(Switching Mechanism at 5’End of RNA Template)和基于5’RACE的方法,用于捕获由ICELL8 Single-Cell Sytem分选得到的上千“活的单细胞”的TCR转录本完整V(D)J可变区域。产生的文库可同时提供α链和β链的多样性信息。
实验流程中,cDNA扩增阶段整合了Illumina特异的接头序列,产生的文库带有index接头,可直接用于Illumina平台测序。Takara Bio高通量TCR免疫组库解决方案也可以同时支持5’末端差异表达分析。
在ICELL8单细胞分选系统中,与单个T细胞一起被分注到TCR芯片(Code No. 640178)上的还有阳性对照和阴性对照。每个TCR芯片含有5,184个纳升级微孔,预制了1,728种Barcode,每个Barcode在芯片上被预制3次。使用CellSelect软件鉴定出具有“活的单细胞”微孔后,SMART RT-PCR试剂将被分注到含“活单细胞”的微孔中,用于后续分析。连接了Barcode序列的cDNA继续在微孔芯片上完成PCR扩增。接下来,从芯片中将连接好Barcode序列的扩增产物集中收集,并进行纯化。纯化后的cDNA作为第一轮TCR特异性PCR的模板,而第一轮TCR特异性PCR的产物作为第二轮TCR特异性PCR的模板,并整合Illumina index序列引物。
 
■ 产品组分
完整的工作流程需要下列Takara Bio产品。请参考User Manual得到一份完整的试剂耗材清单:
用于ICELL8 Single-Cell System
· ICELL8 TCR Chip (Code No. 640178)
· ICELL8 Human TCR a/b Profiling Reagent Kit (Code No. 640182)
· ICELL8 Human TCR a/b Profiling Indexing Primer Set (Code No. 640179, 640180, 640181)*
· ICELL8 Collection Kit (Code No. 640048)
· ICELL8 Loading Kit (Code No. 640109)
User Manual:ICELL8® Human TCR a/b Profiling User Manual
*NOTE:Code No. 640179包含的Primer量足够1张芯片使用,若实验中需要使用多张芯片,请购买合适的indexing primer set。640180适用于5张芯片的实验,640181适用于10张芯片的实验。
 
自动化高通量的单细胞人T细胞受体分析
图1 ICELL8 Human TCR a/b Profiling技术原理流程图
 
自动化高通量的单细胞人T细胞受体分析
图2 ICELL8 Human TCR a/b Profiling实验流程图
 
 
■ 参考文献
Litjens, Nicolle H. R., et al. Validation of a combined transcriptome and T cell receptor Alpha/Beta (TRA/TRB) repertoire assay at the single cell level for paucicellular samples. Front. Immunol., 11, (2020)
 
 
产品详情请点击:自动化高通量的单细胞人T细胞受体分析
 

页面更新:2020-11-18 11:52:06

自动化高通量的单细胞差异表达分析酶试剂盒Takara Clontech

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自动化高通量的单细胞差异表达分析
品牌 Code No. 产品名称 包装量 价格(元) 说明书 数量
Clontech 640164 ICELL8® Chip and Reagent 3’DE Kit 1 Rxn 询价 自动化高通量的单细胞差异表达分析 自动化高通量的单细胞差异表达分析 自动化高通量的单细胞差异表达分析
Clontech 640165 ICELL8® Chip and Reagent 3’DE Kit 3 Rxns 询价 自动化高通量的单细胞差异表达分析 自动化高通量的单细胞差异表达分析 自动化高通量的单细胞差异表达分析
Clontech 640166 ICELL8® Chip and Reagent 3’DE Kit 5 Rxns 询价 自动化高通量的单细胞差异表达分析 自动化高通量的单细胞差异表达分析 自动化高通量的单细胞差异表达分析
Clontech 640167 ICELL8® 3’DE Reagent Kit 1 Rxn 询价 自动化高通量的单细胞差异表达分析 自动化高通量的单细胞差异表达分析 自动化高通量的单细胞差异表达分析
Clontech 640143 ICELL8® 3’DE Chip 1 Chip 询价 自动化高通量的单细胞差异表达分析 自动化高通量的单细胞差异表达分析 自动化高通量的单细胞差异表达分析
Clontech 640048 ICELL8® Collection Kit 1 Pkg 询价 自动化高通量的单细胞差异表达分析 自动化高通量的单细胞差异表达分析 自动化高通量的单细胞差异表达分析
Clontech 640109 ICELL8® Loading Kit 1 Pkg 询价 自动化高通量的单细胞差异表达分析 自动化高通量的单细胞差异表达分析 自动化高通量的单细胞差异表达分析
Clontech 640005 ICELL8® 3’DE for UMI Reagent Kit 1 Rxn 询价 自动化高通量的单细胞差异表达分析 自动化高通量的单细胞差异表达分析 自动化高通量的单细胞差异表达分析
Clontech 640192 ICELL8® 384-Well Source Plate and Seal (5/pack) Each 询价 自动化高通量的单细胞差异表达分析 自动化高通量的单细胞差异表达分析 自动化高通量的单细胞差异表达分析
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高通量、高品质、更经济的单细胞3’端转录组分析解决方案
· 高通量单细胞分析:同时生成上千单细胞测序数据
· 样品灵活性高:一次实验可同时对8个不同样品进行单细胞分析
· mRNA 3’端捕获测序:mRNA 3’端捕获测序差异表达分析所需reads数更少
· 减少样品处理操作:自动完成文库构建前的细胞分离、挑选及混样,偏差更小
· 兼容illumina平台:构建的文库支持illumina平台测序
 
■ 产品说明
通过结合Takara Bio单细胞RNA-Seq文库构建的技术优势及ICELL8 cx Single-Cell System(Code No. 640188) 单细胞分选的优良性能,ICELL8 3’DE Reagent Kit 实验流程能够一次制备最多八个不同样品的I llumina测序文库,可高通量地分析单细胞基因表达差异。
样品细胞经过染色、稀释,使用ICELL8 cx单细胞分选系统将其分注到微孔芯片ICELL8 cx 3’DE Chip(Code No. 640199)中。微孔芯片表面排布5,184个纳升微孔,并预先固相化了Barcodes。通过单细胞分选系统的成像功能和配套的CellSelect软件,含有活单细胞的微孔将被挑选出来,并添加RT-PCR试剂,在芯片中完成cDNA合成与扩增。从芯片中将DNA产物混合收集,使用基于转座酶的方法富集mRNA 3’ 端来源的cDNA,随后通过PCR扩增整合入Illumina index序列。
通过每个微孔特异的Barcode序列,能从最终的文库测序数据中回溯每个活的单细胞来源的数据,并可基于mRNA 3’ 端计数 ,进行差异基因表达分析。配合ICELL8 cx单细胞分选系统,ICELL8 3’DE Reagent Kit为高通量单细胞差异表达分析提供了高效、经济的解决方案,一次实验即可从上千个活的单细胞获得高质量3’ 端测序数据。
 
■ 产品组分
完整的工作流程需要下列Takara Bio产品。同时,请参考对应的User Manual得到一份完整的试剂耗材清单:
用于ICELL8 cx Single-Cell System
· ICELL8 cx 3’DE Chip (Code No. 640199)
· ICELL8 3’DE Reagent Kit(Code No. 640167)
· ICELL8 Collection Kit-L (Code No. 640212)
· ICELL8 cx Loading Kit (Code No. 640197)
· ICELL8 384-Well Source Plate and Seal (5/pack) (Code No. 640192)
User Manual:ICELL8® cx 3’DE User Manual
 
自动化高通量的单细胞差异表达分析
图1 ICELL8 3’DE Reagent Kit工作流程
 
自动化高通量的单细胞差异表达分析
图2 选取iPS细胞分化至心肌细胞过程中的四个时间点(Day1/3/9/21),用 ICELL8 Single-Cell System进行单细胞高通量3’末端转录组分析,共获得约1,000个活的单细胞,平均每个细胞超过120,000 reads,测得1,200个基因(最大为750,000 reads,测得4,500个基因);tSNE分析结果可以看出不同分化阶段的细胞存在明显的基因表达差异。
 
自动化高通量的单细胞差异表达分析
图3 细胞特异性基因表达变化 随着分化的进行,iPS细胞特异性基因的表达数量减少,而心肌细胞特异性基因的表达数量增加。
 
Technote:
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自动化高通量的单细胞差异表达分析
 
参考文献
1. Ren, Z. et al. Single-Cell Reconstruction of Progression Trajectory Reveals Intervention Principles in Pathological Cardiac Hypertrophy. Circulation, 141, 1704–1719 (2020)
2. Wang, L. et al. Single-cell reconstruction of the adult human heart during heart failure and recovery reveals the cellular landscape underlying cardiac function. Nat. Cell Biol. 22, 108–119 (2020)
3. Krieger, T. G., et al. Modeling Glioblastoma Invasion Using Human Brain Organoids and Single-Cell Transcriptomics. Neuro-Oncology, 22, 1138–1149 (2020)
4. Yekelchyk, M., Guenther, S., Preussner, J. & Braun, T. Mono- and multi-nucleated ventricular cardiomyocytes constitute a transcriptionally homogenous cell population. Basic Res. Cardiol. 114, 36 (2019)
 
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