NEBNext Direct® 基因分型解决方案靶向富集试剂盒 #E9530B-S 8 reactions-NEB酶试剂 New England Biolabs

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产品资料 – 用于二代测序的 NEBNext® 试剂 – 适用于 Illumina 测序平台/靶向富集

NEBNext Direct® 基因分型解决方案靶向富集试剂盒                              收藏

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相关产品

NEBNext Direct® 基因分型解决方案样本制备试剂盒

概述

 NEBNext Direct® 基因分型解决方案具有低成本高效益、高通量等特点,通过对靶基因测序进行基因分型,可广泛应用于植物、动物和人类。

NEBNext Direct® 基因分型解决方案将多重基因序列捕获富集技术与高效的二代测序相结合,从而为各种应用提供低成本高效益、高通量的基因分型。适用于 100-5000 Marker 范围,多达 96 个样本的预捕获结合双端检索引物,使得一次 Illumina® 测序,就可对 380 万个以上的基因进行分型。
 

产品描述

 适用于几百到几千个 Marker 基因分型的理想解决方案

多达 96 个样本的预捕获降低成本并简化操作流程
加入双端检索引物和唯一分子标签实现测序效率最大化
通过独特的靶基因捕获富集技术,实现无与伦比的目标覆盖均一性
精密的探针设计,避免 Marker 丢失
仅需 1 天的实验流程,可自动化,极大提高样本通量

96 个样本的质控后 Reads
 
NEBNext Direct® 基因分型解决方案靶向富集试剂盒                               #E9530B-S 8 reactions
 

 使用 SolCAP 公开提供的 2,309 个 Marker Panel 对 96 个番茄 DNA 样本进行富集,并结合 NEBNext Direct® 基因分型解决方案试剂盒做基因分型。图中显示了质控后的 Reads 数。每个样本起始量为 25 ng 纯化的番茄 DNA。样本加上标签标记后再进行杂交,文库在 Illumina® Miseq® 上测序,并设置程序:12 个碱基的唯一分子标签和 8 个碱基的样本标签用 Read 1 运行 20 个循环,目标基因用 Read 2 运行 75 个循环。

NEBNext Direct® 基因分型解决方案在 96 个样本中显示了相似的覆盖度
 
NEBNext Direct® 基因分型解决方案靶向富集试剂盒                               #E9530B-S 8 reactions
图中显示了 96 个样本 2,309 个 SolCAP Markers 的平均 SNP 覆盖度。每个样本起始量为 25 ng 纯化的番茄 DNA。样本加上标签标记后再进行杂交,文库在 Illumina® Miseq® 上测序,并设置程序:12 个碱基的唯一分子标签和 8 个碱基的样本标签用 Read 1 运行 20 个循环,目标基因用 Read 2 运行 75 个循环。结果表明:NEBNext Direct® 基因分型解决方案在 96 个样本中显示了相似的覆盖度。

NEBNext Direct® 基因分型解决方案对 96 个样本富集的特异性
NEBNext Direct® 基因分型解决方案靶向富集试剂盒                               #E9530B-S 8 reactions
 
 

图中显示了质控后的 Reads 数比对到目标区域的百分比,表明 NEBNext® Direct 基因分型解决方案在 96 个样本中都显示出高度特异性。每个样本起始量为 25 ng 纯化的番茄 DNA。样本加上标签标记后再进行杂交,文库在 Illumina® Miseq® 上测序,并设置程序:12 个碱基的唯一分子标签和 8 个碱基的样本标签用 Read 1 运行 20 个循环,目标基因用 Read 2 运行 75 个循环。

单个样本中 2,309 个 Marker 的平均覆盖度
 
NEBNext Direct® 基因分型解决方案靶向富集试剂盒                               #E9530B-S 8 reactions
2,309 个 SolCAP Markers 覆盖度的柱状图显示了目标富集和覆盖水平的均一性,该结果足以进行基因分型。这些数据来自与其它 95 个番茄样本混合杂交后的一个番茄样本。样本起始量为 25 ng 纯化的番茄 DNA。样本加上标签标记后再进行杂交,文库在 Illumina® Miseq® 上测序,并设置程序:12 个碱基的唯一分子标签和 8 个碱基的样本标签用 Read 1 运行 20 个循环,目标基因用 Read 2 运行 75 个循环。

靶向Tau蛋白单体:治疗干预的潜力

靶向Tau蛋白单体:治疗干预的潜力

由MAPT基因编码的微管相关蛋白tau主要在神经元中表达,tau蛋白在许多生理过程中发挥重要作用。神经细胞中tau蛋白的异常过度磷酸化和聚集是阿尔茨海默病、帕金森病和许多其他所谓的tauopathies的典型特征,强调了理解、预防或逆转这一过程的必要性。通过靶向tau蛋白进行治疗干预,研究人员希望改善患者的预后,并为目前无法治愈的神经退行性疾病开发有效的治疗方法。


为什么以tau单体为靶点?

正常情况下,tau蛋白是单体的,在成人大脑中以6种不同的亚型(长度为352 – 441个氨基酸)表达1。这些参与调节微管的组装和稳定性,这是轴突生长和突触囊泡运输的关键。然而,在病理条件下,过度磷酸化的tau单体从带负电荷的微管中分离,首先聚集成寡聚体,然后聚集成神经原纤维缠结(NFTs),进而导致神经元变性2,3。

尽管tau蛋白的病理机制尚未完全了解,但已经提出了几个假说。一种建议是,天然Tau蛋白通过结构转变衍生出的具有种子活性的tau单体可能引发聚集,这表明了阻止这种转化的治疗潜力4。另一种观点认为,溶酶体应激可能刺激种子活性单体tau蛋白释放到细胞外空间,促使研究人员考虑抑制溶酶体胞外作用的治疗用途5。我们也知道,疾病相关的突变可以破坏tau蛋白内具有聚集倾向的VQIVYK基序,因此这可能被证明是一个有价值的治疗靶点6。


tau单体如何用于聚集性分析?

已有各种模型用来研究tau蛋白聚集的过程,其中许多模型依赖于重组tau单体在体外复制聚集组装。一种流行的方法是使用聚集诱导剂,如聚阴离子(如肝素)、脂肪酸(如花生四烯酸)或tau原纤维丝从tau单体中形成聚集物,使用荧光探针硫黄素S(结合丰富的β薄片结构)实时监测聚集物的形成;例如,这允许比较不同tau蛋白异构体、截断的tau蛋白结构域或蛋白质突变体的聚集率3。其他类型的分析旨在研究在各种细胞系中过表达tau单体的影响,同样使用诸如硫黄素S等次级方法来跟踪聚合产物。


用于聚合分析的高质量tau单体

我们研发了一系列的试剂用于神经退行性疾病Tau蛋白的研究。其中包括在大肠杆菌(spr -327)或杆状病毒(spr -473)中表达的人类活性重组Tau441 (2N4R)、P301S突变蛋白单体、人类活性重组Tau441 (2N4R)野生型蛋白单体(spr -479)、人类活性重组Tau (K18)、P301L突变蛋白单体(spr -328)以及人类活性重组Tau (K18) K280缺失蛋白单体(spr -476)。我们的活性人重组截取Tau片段 (AA297-391)蛋白单体dGAE (spr -444)和dGAE C322A (spr -445),以及活性小鼠重组Tau441 (2N4R), P301S 突变蛋白单体 (spr -474)补充了这些蛋白。其中许多已通过使用硫黄素T监测聚集得到验证。

 

硫黄素T是一种荧光染料,可与富含β薄片的结构结合,如tau原纤维中的结构。结合后,染料的发射光谱发生红移,荧光强度增加。硫黄素T发射曲线显示,当截断tau片段(AA297-391) (dGAE C322A)单体与截断tau片段(AA297-391) (dGAE C322A)预形成原纤维(Type 1)结合时,荧光随时间增加(与tau聚集相关)。



REFERENCES

1. Tau-mediated Neurodegeneration and Potential Implications in Diagnosis and Treatment of Alzheimer’s Disease, Wu XL et al, Chin Med J (Engl). 2017 Dec 20;130(24):2978-2990

2. Phosphorylation and Dephosphorylation of Tau Protein During Synthetic Torpor, Luppi M et al, Front. Neuroanat., 06 June 2019

3. Cell-based Models To Investigate Tau Aggregation, Lim S et al, Comput Struct Biotechnol J. 2014 Oct 2;12(20-21):7-13

4. Inert and seed-competent tau- monomers suggest structural origins of aggregation, Mirbaha H et al, Elife. 2018 Jul 10;7:e36584

5. Seeding Activity-Based Detection Uncovers the Different Release Mechanisms of Seed-Competent Tau Versus Inert Tau via Lysosomal Exocytosis, Tanaka Y et al, Front Neurosci. 2019 Nov 21;13:1258

6. Tau local structure shields an amyloid-forming motif and controls aggregation propensity, Chen D et al, Nat Commun. 2019 Jun 7;10(1):2493

 



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胶原杂交肽靶向降解的胶原蛋白—检测由疾病和损伤导致的变性胶原蛋白分子

胶原杂交肽靶向降解的胶原蛋白—检测由疾病和损伤导致的变性胶原蛋白分子

胶原杂交肽靶向降解的胶原蛋白可用于检测由疾病和损伤导致的变性胶原蛋白分子

胶原蛋白是哺乳动物体内最丰富的蛋白质。它是几乎所有器官和组织的主要结构成分,为细胞附着和生长提供了框架。程序性的胶原降解发生在组织发育、体内平衡和修复过程中。然而,胶原蛋白过度降解与癌症、炎症和纤维化等多种疾病有关。

胶原蛋白拥有三螺旋结构。在组织重塑过程中,三螺旋胶原分子被特定的蛋白酶(如MMP或组织蛋白酶K)降解并在体温下延展开变性。胶原杂交肽(CHP)是一种合成肽,可通过氢键与变性胶原链特异性结合,这一特异性结合适用于组织学、体内和体外(3D细胞培养)。CHP是一种针对未折叠胶原蛋白分子的特异性探针:由于缺乏结合位点,它对完整胶原蛋白分子的亲和力可忽略不计;由于其中性和亲水性,它的非特异性反应也不活泼。

胶原杂交肽靶向降解的胶原蛋白—检测由疾病和损伤导致的变性胶原蛋白分子

应用举例

CHP是一种强大的组织病理学工具,可以直接检测由多种疾病引起的组织损伤以及发育、衰老过程中的组织重塑。

  • CHP可以在分子水平上检测和定位胶原组织的机械损伤。

  • CHP可以用于评估脱细胞组织/器官的胶原损伤,可在分子水平上评价脱细胞对胞外基质的影响。

  • CHP可用于识别胶原蛋白,在SDS-PAGE凝胶中特异性地显示胶原条带,而无需进行western转印。

  • CHP在三维胶原培养中展现了癌细胞蛋白酶水解引起的细胞周基质转换过程,而不需要使用合成荧光基质和基因修饰细胞。

胶原杂交肽靶向降解的胶原蛋白—检测由疾病和损伤导致的变性胶原蛋白分子

应用

immunofluorescence, immunohistochemistry, cell imaging, SDS-PAGE (in-gel western)

产品优势

  • 与酶谱学、DQ collagen、SHG和TEM等方法相比更丰富、可靠、方便

  • 对胶原蛋白具有高亲和力和无与伦比的特异性,基本上没有非特异性结合

  • 对胶原蛋白无物种和种类的限制,特异性结合依赖于胶原蛋白的二级结构而不是特定的表位

  • 适用于冰冻切片和石蜡切片,无需进行抗原修复

  • 无种属使用限制,可与任意抗体共染

  • 分子量小(抗体分子量的2%),无需切片即可渗透进组织样本中进行染色

  • 溶解后可以溶液状态稳定保存于4 ℃,无需进行分装保存

与传统胶原蛋白分析方法的对比

CHP Sirius red/

Masson's trichrome

Collagen

antibodies

C1,2C

antibody

In situ

zymography

SHG TEM
Detecting denatured collagen × ×
A direct method × × ×

Applicable to multiple

collagen types

× × ×
Applicable to mm-sized tissue samples ×
No control test needed ×
No advanced instrument or specialized skill needed × ×

产品信息

货号

产品名称

产品名缩写

规格

FLU300

Collagen Hybridizing Peptide, 5-FAM Conjugate

F-CHP

300μg

FLU60

Collagen Hybridizing Peptide, 5-FAM Conjugate

F-CHP

60μg

BIO300

Collagen Hybridizing Peptide, Biotin Conjugate

B-CHP

300μg

BIO60

Collagen Hybridizing Peptide, Biotin Conjugate

B-CHP

60μg

RED300

Collagen Hybridizing Peptide, Cy3 Conjugate

R-CHP

300μg

RED60

Collagen Hybridizing Peptide, Cy3 Conjugate

R-CHP

60μg

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