5-甲基化-dCTP #N0356S 1 μmol-NEB酶试剂 New England Biolabs

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产品资料 – DNA聚合酶与扩增技术 – 核苷酸溶液和缓冲液

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#N0356S
1 μmol
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概述

dNTP 套装:
四种独立包装的超纯脱氧核苷三磷酸的溶液(dATP、dCTP、dGTP 和 dTTP)。每种的浓度为 100 mM。

dNTP 混合液:
含相同摩尔数的超纯 dATP、dCTP、dGTP 和 dTTP。每种的浓度为 10 mM。

rNTP 套装:
四种独立包装的核苷三磷酸溶液(ATP、CTP、GTP 和 UTP),pH 7.5,以钠盐形式存在。

rNTP 混合液:
含相同摩尔数的四种核苷三磷酸:rATP、rCTP、rGTP 和 rUTP。每种浓度为 25 mM(rNTP 总浓度相当于 100 mM)。

7-去氮-dGTP:
含有 5 mM 7-去氮-dGTP 的二锂盐溶液。

5-甲基-dCTP:
10 mM 溶液,pH 7.0。

dATP 溶液:

含有 100 mM dATP,pH 7.4 的钠盐溶液。

acyNTP 套装:
四种独立包装的 acyNTP (acyATP、acyCTP、acyGTP 和 acyTTP)。以干粉形式提供,加入 50 μl 蒸馏水或去离子水(Milli-Q®)后,acyNTP 的终浓度为 10 mM。

acyNTP 可作为链终止基团,因而可用于一般采用 ddNTP 的实验,如 DNA 测序和 SNP 分析。acyNTP 尤其适用于古生菌 DNA 聚合酶的反应,特别是 Therminator DNA 聚合酶。Therminator DNA 聚合酶经过基因工程改造后,拥有更强的掺入核苷酸类似物的能力,这些类似物的糖环发生了改变,如 rNTP,ddNTP,2´ 脱氧核苷酸,特别是 acy 碱基类似物。  

参考文献

  

Zebularine;泽布拉林

Zebularine;泽布拉林

货号:
IZ0090

品牌:
Jinpan

Zebularine;泽布拉林

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产品简介
MDL MFCD04973699
EC EINECS 2017-001-1
别名 4-Deoxyuridine
英文名称 Zebularine
CAS 3690-10-6
分子式 C9H12N2O5
分子量 228.2
纯度 HPLC≥98%
单位
生物活性 Zebularine 是DNA甲基转移酶抑制剂;也是胞苷脱氨酶抑制剂,Ki值为0.95 μM。Zebularine通过稳定DNMT与DNA的结合,阻碍甲基化和减少解离来发挥其去甲基化活性,从而捕获酶并防止甚至在其他部位的转换。 [1-4]
In Vitro zebularine可增强肿瘤细胞的化学和放射敏感性,并具有抗病毒和血管抑制活性[1]。 Zebularine抑制DNA甲基化并重新激活先前被甲基化沉默的基因。 Zebularine在10T1/2细胞中诱导肌原性表型,这是DNA甲基化抑制剂特有的现象。 Zebularine重新激活沉默的p16基因并使其在T24膀胱癌细胞中的启动子区域去甲基化[2]。 Zebularine处理以剂量和时间依赖性方式抑制细胞生长,在暴露96小时时分别在MDA-MB-231和MCF-7细胞中IC50为~100μM和150μM。在高剂量时,zebularine以细胞系特异性方式诱导凋亡蛋白的变化,表现为caspase-3,Bax,Bcl2和PARP裂解的改变[3]。 Zebularine也是CR脱氨酶的有效竞争性抑制剂。 zebularine的Ki为0.95μM[4]。
In Vivo Zebularine对荷瘤小鼠仅有轻微的细胞毒性。与对照小鼠相比,通过腹膜内注射或口服强饲法给予高剂量zebularine治疗的小鼠肿瘤体积在统计学上显著降低[2]。 Zebularine还可以增强用5-AZA-CdR处理的L1210白血病小鼠的存活时间。用这种药物组合治疗的小鼠中约有27%的存活时间长于仅用5-AZA-CdR治疗的小鼠[4]。
SMILES O=C1N=CC=CN1[C@H]2[C@@H]([C@@H]([C@@H](CO)O2)O)O
靶点 DNA Methyltransferase
动物实验 将悬浮在PBS中的EJ6细胞(5×105 /注射)皮下接种到4至6周龄雄性BALB/c nu/nu小鼠的右侧和左侧(沿着腋中线)。小鼠(n = 30)随机分为6组(腹膜内对照,口服对照,500mg/kg腹腔注射zebularine,500mg/kg口服zebularine,1000mg/kg腹腔注射zebularine,1000mg/kg口服zebularine)公斤)。每组由5只小鼠组成(每组至少6只肿瘤;每组1或2只小鼠随机杀死,在较早的时间点建立表达的时间过程)。 2-3周后,在形成肉眼可见的肿瘤(50-200mm 3)后,开始使用zebularine或对照治疗。剂量为500mg/kg或1000mg/kg的Zebularine每天通过腹膜内注射或口服管饲法在0.45%盐水溶液中施用18天[2]。
细胞实验 对于甲基化分析,用各种浓度的zebularine处理10T1/2细胞和T24细胞。对于10T1/2细胞,在初始药物处理后24小时更换培养基,而对于T24细胞,在初始药物处理后24小时或48小时更换培养基。在初始药物处理后72小时从10T1/2细胞收获DNA和RNA,并在初始药物处理后96小时从T24细胞收获DNA和RNA。所示DNA区域的甲基化状态在两个独立且独立的实验中测量,两者均一式两份进行[2]。
数据来源文献 [1]. Champion C, et al. Mechanistic insights on the inhibition of c5 DNA methyltransferases by zebularine. PLoS One. 2010 Aug 24;5(8):e12388.
[2]. Cheng JC, et al. Inhibition of DNA methylation and reactivation of silenced genes by zebularine. J Natl Cancer Inst. 2003 Mar 5;95(5):399-409.
[3]. Billam M, et al. Effects of a novel DNA methyltransferase inhibitor zebularine on human breast cancer cells. Breast Cancer Res Treat. 2010 Apr;120(3):581-92.
[4]. Lemaire M, et al. Inhibition of cytidine deaminase by zebularine enhances the antineoplastic action of 5-aza-2′-deoxycytidine. Cancer Chemother Pharmacol. 2009 Feb;63(3):411-6
规格 10mg 25mg 50mg

Zebularine 是DNA甲基转移酶抑制剂; 也是胞苷脱氨酶抑制剂。

NEBNext 多样本接头引物试剂盒 1(甲基化接头,12 种)(停产) #E7535L 96 次反应-NEB酶试剂 New England Biolabs

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产品资料 – 用于二代测序的 NEBNext® 试剂 – 适用于 Illumina 测序平台/接头 & 引物

NEBNext 多样本接头引物试剂盒 1(甲基化接头,12 种)(停产)                              收藏

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#E7535L
96 次反应
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#E7535S
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停产通知

 该产品已停产,推荐替代产品为 NEBNext® Multiplex Oligos for Enzymatic Methyl-seq (Unique Dual Index Primer Pairs)(E7140)

产品特点

·提高连接效率
·极大降低接头二聚体
·增加文库产量 
·增加样品识别特异性 (双端检索)
·大量单端检索/可用检索 
·提供检索表和样本示例表

概述

NEBNext 接头是为 DNA、ChIP DNA 和 RNA(不包括 Small RNA)文库构建而设计的,能够确保接头的高效连接及文库的高产量,并且最大限度的减少接头二聚体的形成。NEBNext 接头包含一个特殊的发卡环状结构,能够更高效的和经末端修复的带 dA 尾的 DNA 结合。环状结构包含一个 U,当 U 被 USER 酶(由 UDG 和内切酶 VIII 组合而成)切掉后,环状结构打开,使它可以成为 PCR 的反应底物。检索序列通过 PCR 引入文库,从而实现了多样本的制备。NEBNext 接头引物不仅能够用于 NEBNext 产品,也可以用于其它的兼容 Illumina 标准平台的文库制备方法。

 
提供单端和双端检索引物。同时也提供用于重亚硫酸盐测序的甲基化接头。
 
NEBNext 多样本接头引物试剂盒 1(甲基化接头,12 种)(停产)                               #E7535L 96 次反应

功能验证

 每个试剂盒都通过对基因组 DNA、ChIP DNA 和 mRNA 进行文库构建,并在 Illumina 平台测序进行验证。

 

请联系我们。 NEBNextSelector.neb.com 可以使用在线产品选择工具进行产品选择。

甲基化DNA富集酶试剂盒Takara Clontech

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甲基化DNA富集
品牌 Code No. 产品名称 包装量 价格(元) 说明书 数量
Clontech 631962 EpiXplore Methylated DNA Enrichment Kit 20 Rxns ¥5,444 甲基化DNA富集 甲基化DNA富集 甲基化DNA富集
Clontech 631963 EpiXplore Methylated DNA Enrichment Kit 10 Rxns ¥2,758 甲基化DNA富集 甲基化DNA富集 甲基化DNA富集
Clontech 631964 Magnetic Stand 2 x 1.5 ml ¥667 甲基化DNA富集 甲基化DNA富集
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Code No. 产品名称
631962   EpiXplore Methylated DNA Enrichment Kit
631963   EpiXplore Methylated DNA Enrichment Kit
631964   Magnetic Stand
 
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页面更新:2019-11-27 15:42:24

EpiMark® N6-甲基化腺嘌呤富集试剂盒 #E1610S 20次反应-NEB酶试剂 New England Biolabs

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产品资料 – RNA 试剂 – RNA 分离和检测

EpiMark® N6-甲基化腺嘌呤富集试剂盒                              收藏

EpiMark® N6-甲基化腺嘌呤富集试剂盒                                #E1610S 20次反应

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#E1610S
20次反应
5,749.00

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特性

 在免疫沉淀实验流程中富集经 m6A修饰的 RNA
 经富集的 RNA 可直接用于 NGS 或RT-qPCR

概述

 EpiMark® N6-甲基腺嘌呤富集试剂盒包含一个 N6-甲基腺苷(m6A)兔源单克隆抗体。试剂盒中含有2个对照 RNA,一个含有 m6A 修饰(Gaussia 荧光素酶),另一个不含 m6A 修饰 (Cypridina 荧光素酶)用于监测富集和消耗程度。其中,Gluc RNA 对照在转录过程中需 20% 的 m6ATP 和 80% 的 ATP。
该试剂盒可用在免疫沉淀实验流程中富集经 m6A 修饰的 RNA,可用于 NGS 或 RT-qPCR 等下游实验。在片段化的 RNA 样本中,经修饰的 RNA 可与 N6-甲基腺苷抗体结合,从而被于抗体结合的 Protein G 磁珠富集。再经多轮洗涤与纯化步骤后,富集的 RNA 洗脱于无核酸酶水中,可用于进一步的分析。

EpiMark N6-甲基化腺嘌呤富集试剂盒组分:

– N6-甲基腺苷抗体
– m6A 修饰的对照 RNA (100nM)
– 无修饰的对照 RNA(100 nM)

参考文献

有关该产品特性和应用的参考文献请联系我们。 www.jinpanbio.com 或 www.jinpanbio.cn。

N6-甲基腺苷抗体是由 Cell Signaling Technology, Inc.生产,由 New England Bio-labs, Inc. 销售。

5-甲基化-dCTP #N0356S 1 μmol (0.1 ml)-NEB酶试剂 New England Biolabs

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产品资料 – 表观遗传学 – NEBNext ChIP-Seq文库制备试剂

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#N0356S
1 μmol (0.1 ml)
959.00

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特性

 生成胞嘧啶完全甲基化的 DNA

概述

胞嘧啶的甲基化修饰(C5)是一种非常重要的表观遗传学修饰。该修饰也被认为是TET(Ten-Eleven Tra-nslocation)家族蛋白及其协同的氧化途径的起始底物。5-甲基-dCTP 可以通过酶促反应将其自身掺入到  DNA 中,获得完全甲基化的胞嘧啶 DNA,该产品适用于各种生物化学及细胞学研究。
 
5-甲基-dCTP(2´ -脱氧-5-甲基胞苷 5´ 三磷酸)以溶液形式提供,浓度为 10 mM,pH 7。用 A260 测定核苷酸浓度。

分子式

C10H15N3O13P3(无酸)

浓度

10 mM 溶液。

分子量

481.1(按酸的形式)。

稀释兼容性

用无菌蒸馏水稀释,Milli-Q® 处理的水稀释最佳,或用无菌 TE [10 mM Tris-HCl,1 mM EDTA (pH 7.5)]。

质保声明

5-甲基-dCTP 不含核酸酶和磷酸酶。

RNA甲基化抗体——m6A抗体

RNA甲基化抗体——m6A抗体

m6AN6-腺苷酸甲基化)是发生在碱基A第六位N原子上的甲基化形式,作为真核生物RNA最常见的一种RNA转录后修饰,其导致了超过80%RNA碱基甲基化。不仅在各种物种可以观察到这种RNA修饰,它也广泛的参与到各种生理过程中,包括调节干细胞分化、DNA损伤修复、脂肪分化、学习记忆、癌症进程、生长发育和免疫等。在免疫反应中,m6A也被证明参与了宿主和病毒间的交流。

 

对于大热的m6A,RNAm6A修饰过程主要由三类蛋白参与调控,催化在RNA上形成甲基化的酶称为编码器(writer、去除在RNA上甲基化的酶被称为消码器(eraser,识别RNA上甲基化的酶被称为读码器(reader。因此,m6A甲基化修饰是个可逆的动态过程,分别由编码器写入,消码器消除,还可以通过读码器识别,参与并影响到一系列的生物学过程。

类别 基因 功能
Writers METTL3METTL14WTAPKIAA1492 最常见的分子是METTL3METTL14,两者可在体外和体内催化mRNA(和其他细胞核RNA)的m6A甲基化。WTAPKIAA1492是这种甲基转移酶复合体中的另一个关键组分。
Erasers FTOALKBH5 RNA上甲基去除,介导RNA的去甲基化修饰过程。FTOALKBH5可以去除mRNA(和其他细胞核RNA)上的m6A甲基化。
Readers YTHDF1YTHDF2YTHDF3YTHDC1YTHDC2 识别RNA甲基化修饰的信息,并参与下游RNA的翻译、降解等过程。比如,YTHDC1可与mRNA上的m6A修饰,促进mRNA出核运输与可变剪接。YTHDF1/YTHDF3识别m6A后可促进mRNA的翻译,而YTHDF2m6A的结合则会促进mRNA的降解。

研究案例

m6A的生物学功能已备受关注,并成为生命科学热门研究领域之一,RNA m6A的研究已多次登上nature, cell, Sciencecancer cell等许多著名杂志,涉及领域从RNA翻译效率到DNA损伤修复,从生长发育到肿瘤形成,m6A的影响力可见一斑。例如,Nature杂志连续发文报道了m6A在斑马鱼早期发育、果蝇性别决定以及T细胞稳态中的功能。发表于Nature的文章m6A modulates haematopoietic stem and progenitor cell specification首次揭示m6A mRNA甲基化修饰在脊椎动物造血干细胞命运决定中的调控机制,丰富了对m6A mRNA甲基化在正常生理状态下的生物学功能的认识,是该研究领域的重大科研突破。在Science杂志发表的文章“N6-methyladenosine RNA modification-mediated cellular metabolism rewiring inhibits viral replication”揭示了宿主细胞通过抑制m6A去甲基化酶ALKBH5的活性,降低OGDH基因表达和衣康酸的产生,从而抑制病毒复制的机制。该研究提出了宿主可不依赖天然免疫方式而抵御病毒感染的新机制,证明RNA表观遗传与细胞代谢协同抵御病毒感染,为病毒感染性疾病的干预与治疗提供潜在药物靶点。在Cancer Cell杂志发表的文章“FTO Plays an Oncogenic Role in Acute Myeloid Leukemia as aN6-Methyladenosin”结果表明FTO对急性骨髓白血病(AML)有致癌作用,且显著高表达,加重病情恶化。FTO能够诱发原癌基因介导的细胞转化从而引发白血病。尽管ASB2RARA等靶基因的m6A修饰水平有所降低,FTO还能抑制全反式维甲酸(ATRA)引起的急性骨髓白血病细胞的分化

 

相关产品

产品名称及描述 品牌 货号
Polyclonal rabbit purified antibody Synaptic Systems 202 003

反应种属:

人、大鼠、小鼠、真核生物、原核生物。

 

应用类型:

WB, ELISAsandwich-ELISA, IHC-P/FFPE, ICC, IP

详情请联系Synaptic Systems全国代理上海金畔生物科技

EpiMark® N6-甲基化腺嘌呤富集试剂盒 #E1610S 20 次反应-NEB酶试剂 New England Biolabs

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产品资料 – 表观遗传学 – 表观遗传学

EpiMark® N6-甲基化腺嘌呤富集试剂盒                              收藏

EpiMark® N6-甲基化腺嘌呤富集试剂盒                                #E1610S 20 次反应

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#E1610S
20 次反应
5,749.00

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特性

 在免疫沉淀实验流程中富集经 m6A 修饰的 RNA

 经富集的 RNA 可直接用于 NGS 或 RT-qPCR

概述

 EpiMark N6-甲基化腺嘌呤富集试剂盒包含一个 N6– 甲基腺苷(m6A)兔源单克隆抗体。试剂盒中含有 2 个对照RNA,一个含有 m6A 修饰(Gaussia 荧光素酶),另一个不含 m6A 修饰(Cypridina 荧光素酶)用于监测富集和消耗程度。其中,GLuc RNA 对照在转录过程中需 20% 的 m6ATP 和 80% 的 ATP。

 

该试剂盒可用于在免疫沉淀实验流程中富集经 m6A 修饰的 RNA,可用于 NGS 或 RT-qPCR 等下游实验。在片段化的 RNA 样本中,经修饰的 RNA 可与 N6– 甲基腺苷抗体结合,从而被与抗体结合的 Protein G 磁珠富集。再经多轮洗涤与纯化步骤后,富集的 RNA 洗脱于无核酸酶水中,可用于进一步的分析。

EpiMark N6-甲基化腺嘌呤富集试剂盒组分

 – N6–甲基腺苷抗体

– m6A 修饰的对照 RNA(100 nM)
– 无修饰的对照 RNA(100 nM)

参考文献

 有关该产品特性和应用的参考文献请联系我们。 www.jinpanbio.com 或 www.jinpanbio.cn。

甲基化DNA-Seq酶试剂盒Takara Clontech

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甲基化DNA-Seq
品牌 Code No. 产品名称 包装量 价格(元) 说明书 数量
Clontech 635023 EpiXplore Meth-Seq DNA Enrichment Kit 12 Rxns ¥15,242 甲基化DNA-Seq 甲基化DNA-Seq 甲基化DNA-Seq
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EpiXplore Meth-Seq DNA Enrichment Kit—甲基化DNA下一代测序
· 快速,用户友好的分离甲基化和非甲基化DNA片段操作流程
· 无需接头连接即可构建测序文库
· 25 ng-1 μg的剪切基因组DNA起始
· 约4 h即可以富集的DNA构建Illumina-ready测序文库
 
EpiXplore Meth-Seq DNA Enrichment Kit 是可以从剪切的基因组DNA中分离甲基化和非甲基化片段,并以富集的DNA片段构建Illumina测序文库的完整系统。富集过程采用目前EpiXplore Methylated DNA Enrichment Kit采用的his-tagged MBD2蛋白质和Capturem Nanoprep Columns进行,约2 h即可分离甲基化、非甲基化片段。接下来,采DNA SMART技术,可以甲基化(或非甲基化,若需要)DNA片段构建Illumina测序文库。
文库构建过程中,DNA SMART技术可以不通过接头连接的方法在DNA片段末端添加Illumina测序接头。这种高灵敏度的技术可以微量DNA样品构建高效测序文库,并且操作时间短,只需4 h。
 
甲基化DNA-Seq
图1. DNA SMART技术流程
 
甲基化DNA-Seq
图2. 甲基化、非甲基化DNA片段分离流程
 
Technote:
点击图片查看
甲基化DNA-Seq
 
产品详情请点击:甲基化DNA-Seq
 
 

页面更新:2019-11-06 10:36:41

NEBNext 酶学转化法甲基化建库试剂盒 #E7120L 96 reactions-NEB酶试剂 New England Biolabs

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产品资料 – 用于二代测序的 NEBNext® 试剂 – 适用于 Illumina 测序平台/Ultra II DNA & RNA

NEBNext 酶学转化法甲基化建库试剂盒                              收藏

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#E7120L
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NEBNext 酶学转化法甲基化建库试剂盒

NEBNext 甲基化建库酶学转化法模块

NEBNext Q5U™ 预混液

NEBNext 酶学转化法甲基化建库多样本接头引物(双端检索引物)

概述

虽然重亚硫酸盐测序是研究 DNA 甲基化的金标准,但这种转化方式会对DNA 造成损伤,导致 DNA 断裂、丢失和 GC 偏嗜。NEBNext 酶学转化法甲基化建库试剂盒 (EM-seq) 提供了一种酶学方法代替全基因组重亚硫酸盐处理 DNA (WGBS) 的方法,并结合高效流程化的建库步骤,适用于 Illumina 平台测序。高效的 EM-Seq 酶促转化可最大程度地减少对DNA的损伤,结合提供的 NEBNext Ultra II 文库制备流程,最终产生的高质量文库可以从有限的测序数据中更灵敏的检测到 5-mC 5-hmC

优势

更卓越的 5-mC 5-hmC 检测灵敏度

更高的比对率

更均一的 GC 覆盖度

能从有限的测序数据检测到更多的 CpG 位点

更均一的二核苷酸分布

更长的文库插入片段

更高效的建库流程

提供转化模块

NEBNext 酶学转化法甲基化建库试剂盒                               #E7120L 96 reactions

产品特点

 NEBNext 酶学转化法甲基化建库试剂盒                               #E7120L 96 reactions

EM-Seq 能得到更高的文库产量。采用Covaris S2 仪器将 10 ng50 ng 200 ng 不同起始量的人 NA12878 基因组 DNA 打断至 300 bp,同时作为 EM-Seq WGBS 建库的起始样本。对于 WGBS 方法,使用 NEBNext Ultra II DNA 进行建库,随后采用 Zymo Research EZ DNA Methylation-Gold 试剂盒进行重亚硫酸盐转化。上述所有起始量,EM-Seq 都能使用更少的 PCR 循环得到更高的文库产量,表明 EM-Seq 显著减少了 WGBS 方法中的 DNA 损失。误差条表示标准差。

NEBNext 酶学转化法甲基化建库试剂盒                               #E7120L 96 reactions

NEBNext 酶学转化法甲基化文库可获得更长的插入片段 。采用Covaris® S2 器将 50 ng NA12878 基因组 DNA 打断至 300 bp,同时作为 EM-Seq WGBS 建库的起始样本。对于 WGBS 方法,使用 NEBNext Ultra II DNA 进行建库,随后采用 Zymo Research EZ DNA Methylation-Gold 试剂盒进行重亚硫酸盐转化。两个文库均使用 Illumina MiSeq (2 X 76 bases) 测序,片段大小采用 Picard 2.18.14 测定。图中绘制了每个插入片段出现的频率标准化后的数据,结果如图:EM-Seq 建库后的插入片段比 WGBS 方法得到的插入片段更长,说明:酶学转化法不会对 DNA 造成损伤,而重亚硫酸盐处理的 DNA 有严重损伤。

 

NEBNext 酶学转化法甲基化建库试剂盒                               #E7120L 96 reactions

 

 

相较于 WGBSEM-Seq 在更低的测序深度情况下能检测到更多的 CpG 位点,并能实现更卓越的 GC 均一覆盖度。采用Covaris S2 仪器将 10 ng, 50 ng, 200 ng 不同起始量的人 NA12878 基因组 DNA 打断至 300 bp,同时作为 EM-Seq WGBS 建库的起始样本。对于 WGBS 方法,使用 NEBNext Ultra II DNA 进行建库,随后采用 Zymo Research EZ DNA Methylation-Gold 试剂盒进行重亚硫酸盐转化。两个文库均使用 Illumina NovaSeq® 6000 (2 X 100 bases) 测序,使用 bwa-meth 0.2.2 将 测序数据 与 hg38 进行比对。

A: CpG 位点检测:通过分析 3.24 亿双端数据得到 EM-Seq WGBS 文库的 CpG 位点覆盖度,其中每条链都独立计数,最终得到最多 5600 万个可能的 CpG 位点。结果显示:EM-Seq 在更低测序深度能检测到更多的 CpG 位点。

B: GC 覆盖度:使用 Picard 2.17.2 计算 GC 覆盖度,图中显示不同 GC 含量时 (0-100%),标准化后覆盖度的分布情况。结果显示:EM-Seq 文库显著提高 GC 覆盖度的均一性,无 AT 过度测序,也无 GC 测序不足,后两项都是 WGBS 文库的典型缺陷。

NEBNext 酶学转化法甲基化建库试剂盒                               #E7120L 96 reactions

 

 

相较于 WGBSEM-Seq 在更低的测序深度情况下能检测到更多的 CpG 位点。采用 Covaris S2 仪器将 10 ng50 ng 200 ng 不同起始量的人 NA12878 基因组 DNA 打断至 300 bp,同时作为 EM-Seq WGBS 建库的起始样本。对于 WGBS 方法,使用 NEBNext Ultra II DNA 进行建库,随后采用 Zymo Research EZ DNA Methylation-Gold 试剂盒进行重亚硫酸盐转化。两个文库均使用 Illumina NovaSeq® 60002 X 100 bases)测序,使用 bwa-meth 0.2.2 将测序数据与 hg38 进行比对。通过分析 3.24 亿双端数据得到 EM-Seq WGBS 文库的 CpG 位点覆盖度。

图中显示了 EM-Seq WGBS 两种方法在不同起始量,至少 1X 8X 测序深度下检测到的独有和共有的 CpG 位点。EM-Seq 在至少 1X 测序深度下比 WGBS 多检测到 20% 以上的 CpG 位点。而在至少 8X 测序深度下,CpG 位点覆盖度差异增加至 2 倍。