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产品资料 – 用于二代测序的 NEBNext® 试剂 – 适用于 Illumina 测序平台/Ultra II DNA & RNA
NEBNext® Ultrashear™ FFPE DNA 文库制备试剂盒 收藏
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#E6655L
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#E6655S
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相关产品：
NEBNext® FFPE DNA 文库制备试剂盒
#E6650L 96 次反应
#E6650S 24 次反应
产品特点：
• 包含特殊的打断酶、FFPE DNA 修复液和专为 FFPR DNA 文库制备所优化的试剂和流程
• 提高文库产量
• 提高测序质量
• 提高体细胞突变的检测灵敏度
• 起始量范围广：5 – 250 ng
• 自动化适配的实验流程
概述：
FFPE DNA 起始量较低，且固定、储存和提取方法都对 DNA 造成了高度可变的损伤，因此 FFPE DNA 的文库制备面临了许多挑战。通常使用基于杂交捕获的方法来富集 FFPE DNA 的目的区域，而该流程需要高产量、多样化且均一的 DNA 文库。
NEXNext® Ultrashear™ FFPE DNA 文库制备试剂盒采用 NEBNext® UltraShear™ 片段化酶对 FFPE DNA 进行酶切打断，该片段化酶是一种专为 FFPE DNA 优化的全新酶混合物，可提高文库产量和质量，同时提高可扩展性和易用性。该试剂盒也可修复由 FFPE 过程造成的 DNA 损伤，同时包含了专为 FFPR DNA 文库制备所优化的试剂和流程。该实验流程简化且使用方便，减少了手动操作时间，针对不同起始量（5 – 250 ng）和不同质量 FFPE DNA 样本制备的文库，均可提高文库产量和质量。
通常 FFPE DNA 在质量和起始量上都会存在问题，这样的样本对于文库制备和测序都具有很大的挑战性，包括需要较高文库产量的靶向富集流程。而 NEBNext® Ultrashear™ FFPE DNA 文库制备试剂盒则通过以下多种方式来应对这些挑战，并提高可扩展性和易用性：
• 使用 NEBNext® FFPE DNA 修复模块 v2 来修复 FFPE DNA 损伤
• 包含特殊的 NEBNext® Ultrashear™ 片段化酶
• 使用专为 FFPE DNA 优化的 NEBNext® Ultra II 文库制备试剂和流程
• 使用 NEBNext® MSTC™ FFPE 预混液进行高效的文库扩增
• 提高文库产量，满足杂交捕获流程的需求
• 实验流程简化且用户友好，减少了手动操作时间并设有多个可暂停节点
NEBNext® Ultrashear™ FFPE DNA 文库制备试剂盒减少了由于样本固定、储存和提取过程导致的 FFPE DNA 样本的脱氨和氧化损伤，从而减少了假阳性突变。
特殊的 FFPE DNA 片段化酶和 FFPE DNA 修模模块，结合优化的试剂和流程，可以显著提升挑战性样本的文库制备结果。
无需酶打断的 FFPE DNA 文库制备，请使用 NEBNext® FFPE DNA 文库制备试剂盒（NEB #E6650）。
NEBNext® Ultrashear™ FFPE DNA 文库制备试剂盒实验流程
NEBNext® FFPE DNA 文库制备试剂盒实验流程简化，减少了手动操作时间。实验操作步骤经过优化，用户可以在实验流程中的任何步骤完成后暂停，并将反应体系保存在 -20°C过夜而不影响文库产量和质量。
产品描述：
针对不同起始量和不同质量的样本，NEBNext® Ultrashear™ FFPE DNA 文库制备试剂盒均能高效制备文库。
以 5 ng、50 ng 和 250 ng 正常组织 FFPE DNA 为起始样本制备文库，其质量范围 DIN 值为 1.8 – 6.8，使用的 PCR 循环数如图所示。5 ng 和 50 ng 起始量的样本重复三次实验，250 ng 起始量的样本重复一次实验。5 ng 和 50 ng 起始量的样本结果中标注了标准偏差。结果显示：针对不同质量和起始量的样本，使用 NEBNext® Ultrashear™ FFPE DNA文库制备试剂盒均能提高文库产量。大多数杂交捕获流程要求文库产量大于 200 ng，即便起始量低至 50 ng 时，使用 NEBNext® Ultrashear™ FFPE DNA文库制备试剂盒制备的 FFPE DNA 文库也可获得足够的文库产量。
NEBNext® Ultrashear™ FFPE DNA 文库制备试剂盒能有效提高文库质量。
以 100 ng 低质量正常组织 FFPE DNA（DIN 1.8）为起始样本制备文库，使用 NEBNext® Ultrashear™ FFPE DNA 文库制备试剂盒制备文库，使用 9 个 PCR 循环。将文库结果与其它包含酶切打断的可用于 FFPE 样本的文库制备试剂盒进行比较，分别采用供应商推荐的接头（IDT xGen EZ UNI, Kapa EvoPlus Library Prep Kit, QuantaBio sparQ DNA Library Prep Kit, and Twist Library Preparation EF 2.0 kit）。所有文库均使用 Illumina® NovaSeq 6000 测序（2 x 100 base reads）。向下抽取 5 百万双端 Read。使用 Bowtie2（version 2.3.2.2）将 Reads 比对至 GRCh38 参考基因组，并使用 Picard MarkDuplicate（version 1.56.0）标记重复。使用Picard Alignment Summary Metrics（version 1.56.0）评估文库质量。使用 Seq_frag_remap（version 0.2）计算 foldback reads 水平。结果表明：NEBNext® Ultrashear™ FFPE DNA 文库制备试剂盒通过降低 unmapped、chimeric、non-properly paired 和 foldback reads 来提高文库质量。
NEBNext® Ultrashear™ FFPE DNA 文库制备试剂盒能有效减少测序错误。
以 100 ng 低质量正常组织 FFPE DNA（DIN 1.8）为起始样本制备文库，使用 NEBNext® Ultrashear™ FFPE DNA 文库制备试剂盒制备文库，使用 9 个 PCR 循环。将文库结果与其它包含酶切打断的可用于 FFPE 样本的文库制备试剂盒进行比较，分别采用供应商推荐的接头（IDT xGen EZ UNI, Kapa EvoPlus Library Prep Kit, QuantaBio sparQ DNA Library Prep Kit, and Twist Library Preparation EF 2.0 kit）。所有文库均使用 Illumina® NovaSeq 6000 测序（2 x 100 base reads）。向下抽取 5 百万双端 Read。使用 Bowtie2（version 2.3.2.2）将 Reads 比对至 GRCh38 参考基因组，并使用 Picard MarkDuplicate（version 1.56.0）标记重复。使用 Tasmanian（version 1.0.7）分别计算两个技术重复中 Read 1 和 Read 2 每个 C 位置（A）的 C→T 突变频率和每个 G 位置（A）的 G→T 突变频率。低质量 FFPE DNA 中由胞嘧啶脱氨损伤造成的 C→T 突变和由氧化损伤造成的 G→T 突变被包含在 NEBNext® Ultrashear™ FFPE DNA文库制备试剂盒中的 NEBNext® FFPE DNA 修复模块 v2 有效修复。其它试剂盒因为缺少 DNA 损伤修复，故均在低质量 FFPE DNA（DIN 1.8）制备文库时显示出高水平的 C→T 和 G→T 突变。
NEBNext® Ultrashear™ FFPE DNA 文库制备试剂盒能在杂交捕获测序中实现卓越的靶向覆盖。
以 100 ng 低质量正常组织 FFPE DNA（DIN 1.8）为起始样本制备文库，使用 NEBNext® Ultrashear™ FFPE DNA 文库制备试剂盒制备文库，使用 9 个 PCR 循环。将文库结果与其它包含酶切打断的可用于 FFPE 样本的文库制备试剂盒进行比较，分别采用供应商推荐的接头（IDT xGen EZ UNI, Kapa EvoPlus Library Prep Kit, QuantaBio sparQ DNA Library Prep Kit, and Twist Library Preparation EF 2.0 kit）。所有文库产量投入 Twist Bioscience® 的客户定制 panel 进行靶向富集，并使用 Illumina® NovaSeq 6000 测序（2 x 100 base reads）。使用 Fastp（version 0.20.0）对 1,500 万双端 reads 进行 trim，并使用 BWA-mem（version 0.7.17）比对至 T2T 参考基因组。使用 UMI 和 Picard MarkDuplicates（version 2.20.6）标记重复项。使用 Picard HS metrics（version 2.18.29）评估靶向捕获质量。结果表明：使用 NEBNext® Ultrashear™ FFPE DNA文库制备试剂盒提高了靶向捕获文库中的覆盖度、中靶率和覆盖均一性，故使用 NEBNext® Ultrashear™ FFPE DNA文库制备试剂盒能提高全基因组测序（WGS）文库的产量、覆盖度和可用 reads。