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NEBNext®rRNA 去除试剂盒（细菌） 收藏
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NEBNext® rRNA 去除试剂盒（细菌）- 含 RNA 纯化磁珠
概述
核糖体 RNA（rRNA）在细菌样品中含量很高，有效去除才能揭示低丰度转录本的重要生物学意义。由于缺乏 poly（A）尾，细菌 mRNA 的特异性富集具有一定的挑战性，因此，高效、特异性地去除细菌 rRNA 至关重要。
特性
• 高效、特异性地去除细菌 rRNA（5s、16s、23s）
产品描述
使用 NEBNext® rRNA 去除试剂盒（细菌）从不同起始量的模拟菌群中高效去除核糖体 RNA。
从 20 种不同细菌的冻干混合物（ATCC® #MSA-2002）中提取总 RNA。使用 NEBNext® rRNA 去除试剂盒（细菌）去除核糖体 RNA（rRNA），使用 NEBNext Ultra II 定向文库制备试剂盒分别制备未去除 rRNA 和去除 rRNA 后的 RNA-seq 文库，并进行 Illumina 双端测序（2 x 75 bp）。采用 Hisat2 将 Reads 比对到 NCBI 基因组数据库中的最佳匹配菌株混合的参考基因组，并采用 Picard 和 ht-seq count 评估重复和转录水平。绝大多数菌种中，起始量为 100 ng 和 10 ng 时，都观察到缺失了已知的 rRNA 序列。
使用 NEBNext® rRNA 去除试剂盒（细菌）高效去除单菌种的核糖体 RNA
使用 NEBNext® rRNA 去除试剂盒（细菌）从大肠杆菌和植物发酵梭菌总 RNA（100 ng）中去除核糖体 RNA（rRNA）。使用 NEBNext Ultra II 定向文库制备试剂盒分别制备未去除 rRNA 和去除 rRNA 后的 RNA-seq 文库，并进行 Illumina 双端测序（2 x 75 bp）。采用 Hisat2 将 Reads 比对到参考基因组，并采用 Picard 和 ht-seq count 评估重复和转录水平。残留的 rRNA 水平是通过将匹配上的 rRNA Reads 数除以质控过滤后的总 Reads 数计算得出。所有菌种中都观察到缺失了已知的 rRNA 序列，证明：使用 NEBNext® rRNA 去除试剂盒（细菌）能够高效去除核糖体 RNA。
NEBNext® rRNA 去除试剂盒（细菌）从不同起始量均能高效去除核糖体 RNA
使用 NEBNext® rRNA 去除试剂盒（细菌）从 1 μg、100 ng 和 10 ng 大肠杆菌总 RNA 中去除核糖体 RNA（rRNA）。使用 NEBNext Ultra II 定向文库制备试剂盒分别制备未去除 rRNA 和去除 rRNA 后的 RNA-seq 文库，并进行 Illumina 双端测序（2 x 75 bp）。采用 Hisat2 将 Reads 比对到大肠杆菌 MG1655 参考基因组，并采用 Picard 和 ht-seq count 评估重复和转录水平。残留的 rRNA 水平是通过将匹配上的 rRNA Reads 数除以质控过滤后的总 Reads 数计算得出。起始量 1 μg、100 ng 和 10 ng 的样本中都观察到缺失了已知的 rRNA 序列，证明：NEBNext® rRNA 去除试剂盒（细菌）从不同起始量均能高效去除核糖体 RNA。