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产品资料 – 用于二代测序的 NEBNext® 试剂 – 适用于Illumina测序平台: 模块和酶
NEBNext® UltraShear™ 片段化酶 收藏
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#M7634L
96 rxns
5,179.00
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#M7634S
24 rxns
1,299.00
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产品特点：
• 与甲基化分析流程兼容，包括 NEBNext® 酶学转化法甲基化建库试剂盒（EM-seq™)（NEB #E7120）
• 适用于 FFPE DNA
• 快速实验流程，减少了手动操作时间
• 用于甲基化分析时，提高了文库产量、CpG 覆盖度和测序质量
• 用于 FFPE DNA 时，提高了可用 Reads 数和覆盖均一性，并降低人为突变频率
概述：
在文库制备流程中，与机械打断相比，使用酶法打断 DNA 具备更多优点。然而，酶法打断需要专业的打断试剂，以确保进行甲基化分析时维持样品的甲基化标记，或可以用于具有挑战性的起始样品，如 FFPE DNA。
NEBNext® UltraShear™ 片段化酶是一种酶的混合物，专为文库制备上游的样本打断设计和优化。该片段化酶提高了文库质量，并保留了甲基化标记。
对于高质量的基因组 DNA 样本，我们推荐使用 NEBNext® Ultra™ II FS DNA 文库制备试剂盒 – 含片段化酶（NEB #E7805、#E6177）进行酶法打断。
产品描述：
NEBNext® UltraShear™ 片段化酶可提高 EM-seq™ 文库产量。
以 200 ng、50 ng 和 10 ng 掺入对照 DNA（CpG 甲基化的 pUC19 DNA 和未甲基化的 lambda DNA）的 NA12878 DNA 为起始样本，分别使用 NEBNext® UltraShear™ 片段化酶（37 ℃ 下反应 20 分钟）和 Covaris® ME220（遵循 350 bp 操作说明）进行片段化，随后进行 EM-seq 文库制备。使用 Agilent® TapeStation® 和高灵敏度 D1000 ScreenTape® 对文库产量进行定量。相同起始量相同 PCR 循环数时（200 ng = 4 个循环；50 ng = 6 个循环；10 ng = 8 个循环），经 NEBNext® UltraShear™ 片段化酶打断后制备的 EM-seq 文库都比经 Covaris 打断后制备的文库具有更高的产量。
NEBNext® UltraShear™ 片段化酶可提高 EM-seq™ 文库的 CpG 覆盖度。
以 200 ng、50 ng 和 10 ng 掺入对照 DNA（CpG 甲基化的 pUC19 DNA 和未甲基化的 lambda DNA）的 NA12878 DNA 为起始样本，分别使用 NEBNext® UltraShear™ 片段化酶（37 ℃ 下反应 20 分钟）和 Covaris® ME220（遵循 350 bp 操作说明）进行片段化，随后进行 EM-seq 文库制备。各起始量都进行了重复实验。所有文库均使用 Illumina® NovaSeq® 6000（2 x 100 bases）同一 flowcell 测序。从每个文库中抽取（seqtk）7.25 亿 Reads 进行甲基化分析。在使用 MethylDackel 调用甲基化分析之前，对 Reads 进行去接头（fastp）、比对（bwa-meth）至 GRCh38 参考基因组、并标记重复（Picard-MarkDuplicates）。至少 1X 测序深度下，使用 NEBNext® UltraShear™ 片段化酶打断和 Covaris 打断后制备的 EM-Seq 文库得到了相近数量的 CpG（~5400 万）。至少 10X 测序深度下，使用 NEBNext® UltraShear™ 片段化酶打断后制备的文库由于提高了文库多样性和覆盖均一性，所以可以识别出更多的 CpG。
NEBNext® UltraShear™ 片段化酶可提高 FFPE DNA 文库的可用 Reads。
使用以下片段化方法，根据相应操作说明，打断 FFPE DNA 样本：NEBNext® UltraShear™ 片段化酶（37 ℃ 下反应 15 分钟）、Covaris ME220、Kapa EvoPlus® Kit、Kapa HyperPlus® Kit、Agilent SureSelect® Enzymatic Fragmentation Kit、NEBNext® dsDNA Fragmentase® 片段化酶和NEBNext® Ultra™ II FS DNA 文库制备试剂盒 – 含片段化酶。其中使用 NEBNext® dsDNA Fragmentase® 片段化酶、Kapa 试剂盒和 Agilent 试剂盒进行片段化后，进行一轮磁珠纯化后使用 NEBNext® Ultra™ II DNA 文库制备试剂盒进行文库制备。使用 NEBNext® UltraShear™ 片段化酶打断和超声打断后的样本，直接使用 NEBNext® Ultra™ II DNA 文库制备试剂盒进行文库制备。使用 NEBNext® Ultra™ II FS DNA 文库制备试剂盒 – 含片段化酶进行文库制备时遵循推荐的操作说明。所有文库均使用 Illumina® NextSeq® 500 测序。抽取 2 百万（2 x 76 base） Reads 进行分析。使用 Bowtie2 将 Reads 比对至 GRCh38 参考基因组，并使用 samtools flagstats 和 Picard CollectAlighmentSummaryMetrics 进行分析。测定每个文库的可用 Reads 百分比（可比对上的、正确配对的和非重复的），并对所有打断方法的重复实验的可用 Reads 进行平均（误差条表示标准差）。结果显示：使用 NEBNext® UltraShear™ 片段化酶打断后制备的 FFPE DNA 文库具有最高的可用 Reads 百分比，并且与高质量 DNA 为起始样本的文库可用 Reads 百分比相似（使用所有片段化方法，高质量 DNA 为起始样本的文库可用 Reads 百分比均 ≥ 96%；数据未显示）。
NEBNext® UltraShear™ 片段化酶可降低 FFPE DNA 文库的人为突变。
使用以下片段化方法，根据相应操作说明，打断 FFPE DNA 样本：NEBNext® UltraShear™ 片段化酶（37 ℃ 下反应 15 分钟）、Covaris ME220、Kapa EvoPlus® Kit、Kapa HyperPlus® Kit、Agilent SureSelect® Enzymatic Fragmentation Kit、NEBNext® dsDNA Fragmentase® 片段化酶和NEBNext® Ultra™ II FS DNA 文库制备试剂盒 – 含片段化酶。其中使用 NEBNext® dsDNA Fragmentase® 片段化酶、Kapa 试剂盒和 Agilent 试剂盒进行片段化后，进行一轮磁珠纯化后使用 NEBNext® Ultra™ II DNA 文库制备试剂盒进行文库制备。使用 NEBNext® UltraShear™ 片段化酶打断和超声打断后的样本，直接使用 NEBNext® Ultra™ II DNA 文库制备试剂盒进行文库制备。使用 NEBNext® Ultra™ II FS DNA 文库制备试剂盒 – 含片段化酶进行文库制备时遵循推荐的操作说明。所有文库均使用 Illumina® NextSeq® 500 测序。抽取 2 百万（2 x 76 base） Reads 进行分析。使用 Bowtie2 将 Reads 比对至 GRCh38 参考基因组。使用 Tasmanian tool 计算 Read 1 和 2 的 C-to-T 突变频率，并进行平均（误差条表示标准差）。结果显示：与其它打断方法相比，使用 NEBNext® UltraShear™ 片段化酶打断后制备的 FFPE DNA 文库具有最低的 C-to-T 突变频率（R1 = Read 1，R2 = Read 2）。
NEBNext® UltraShear™ 片段化酶可打断高质量的基因组 DNA，打断的片段大小和模式随时间不同而改变。
50 ng 人 DNA（NA12878）在 37°C 下分别打断 5 – 45 分钟，随后在 65°C 下反应 15 分钟。NEBNext® UltraShear™ 片段化酶在 37°C 时发生打断反应。图中展示了不同打断时间获得的平均片段大小（Agilent TapeStation 和高灵敏度 D5000 ScreenTape）。